南京農業大學金融專業2006年被列為江蘇省品牌專業，2012成為江蘇省重點建設專業。目前擁有包括金融博士、金融碩士、會計碩士、金融碩士(MF)、會計碩士(MPAcc)在內的多層次研究生培養體系，師資力量雄厚，學術氛圍濃厚。南京農業大學金融學院的發展歷史可以追溯到20世紀初。1921年秋，金陵大學成立了中國第壹個農業經濟系，蔔凱教授開始從事農業保險研究。1929秋，中央大學農學院成立農業管理系，開設農村金融等課程。1952金陵大學農學院、南京大學農學院、浙江大學農學院部分院系合並組建南京農學院，下設農業經濟系。1984南京農學院更名為南京農業大學，農業經濟系增設農村金融專業。同年開始招收農村財務與會計審計專業研究生，1985金融學本科，並獲得1998金融學碩士學位授予權。2002年開始招收農村金融博士生，2004年獲得會計學碩士學位授予權。2012，10南京農業大學金融學院成立。
金融學院有金融學、會計學、投資學三個本科專業。現有專任教師和研究人員40余人，其中教授12人，副教授13人，博士生導師10人，碩士生導師26人。其中具有博士學位的教師占90.9%，具有海外留學經歷的教師占32.2%，江蘇省“藍色工程”青年學科帶頭人1。江蘇省“藍色工程”優秀青年骨幹教師1人，江蘇省社科優秀青年教師1人，南京農業大學“中山學者”首席教授1人，學術骨幹2人，學術新秀3人。目前學院擁有14重點基地，包括中國農業銀行江蘇省分行、江蘇銀行、紫金信托公司、紫金農商銀行、蘇寧集團、畢馬威等。