根據主要職責，區住房和城鄉建設局設7個內設機構： 負責政務協調、行政事務和外事接待工作；承擔新聞宣傳、重要文件起草、公文處理、政務公開、政務信息、機要保密、文書檔案、應急管理、信訪工作；負責人大建議、政協提案辦理工作；歸口管理信息化工作；負責機關後勤、保衛和行政財務工作；負責全系統的財務管理，指導所屬單位財務工作；承擔本局及所屬單位的國有資產、財務會計管理和內部審計工作。
負責系統黨建、宣傳教育和精神文明建設工作；指導所屬單位領導班子和機關中層幹部隊伍建設；負責局管幹部的考察、考核，承辦幹部的任免聘用事項；負責辦理局系統人事調配、機構編制的有關事項，管理機關、事業單位的工資福利工作；組織局機關和所屬單位的年度考核工作；負責建設行業的教育培訓和繼續教育工作；組織職工技術考核定級、職稱評審和執業資格考試，指導執業資格註冊；負責離退休幹部的管理服務工作；指導工會、***青團、婦委會、人民武裝和計劃生育工作；指導直屬單位保衛工作；負責系統內統戰工作和出國人員政審工作。
負責人：黃建明 負責國家和省、市關於經濟體制改革的方針、政策的貫徹落實；負責城鄉建設事業重大政策調研和政策法規咨詢服務；負責起草、上報規範性文件制定計劃；負責局規範性文件審核、備案工作；承辦局以外部門轉來的法律、法規和規章等規範性文件草案的修改工作；承辦行政處罰的審核工作；指導建制鎮城建監察工作；負責城區以外的建設領域的違法行為的查處；負責全系統的法制宣傳教育、行政執法監督工作；承辦局機關的行政復議、行政訴訟、行政賠償及組織聽證工作，負責社會治安、綜合治理和平安建設工作。
負責人：魏新 負責住房保障和住房制度改革的調研工作，擬訂全區住房保障和住房制度改革的規範性文件；擬訂全區房改方案，組織、指導房改方案實施；負責對公有住房出售、已購公房管理和維護、房改房上市交易、職工購房補貼等房改事項進行審批核準；負責住房發展基金的管理；組織擬訂編制全區住房保障規劃和年度計劃、危舊房改造工作目標；負責全區享受廉租住房和經濟適用住房、經濟適用住房政策性補貼、區政府直接投資的公用租賃住房、限價商品房等事項保障對象的資格準入核準、公示、銷售方案的認定等組織工作；指導政府組織的廉租住房、公***租賃住房等保障性住房的收購、分配及日常管理工作；牽頭住房保障和住房制度改革統計工作；負責全區住房保障和住房制度改革工作的組織協調與推動，對政策實施和執行情況進行督查考核，配合有關部門查處違反住房保障、房改政策的行為。
負責人：張漢新 擬訂全區房地產業發展規劃；負責全區房屋產權產籍管理、商品房預（銷）售管理、房產交易管理；負責全區房地產中介服務機構的監管和業務指導；對房地產市場進行監督查處；負責全區直管公房的經營管理；組織擬訂物業管理政策措施和行業標準；按規定監管物業管理企業；配合查處物業管理重大違法行為；監督前期物業管理招標投標活動；對全區物業管理企業進行業務指導和監督，對物業服務合同進行備案；建立健全物業企業信用檔案；負責全區房屋安全鑒定管理工作；指導全區白蟻防治管理工作。
負責人：吳永華 （安全生產科）
制定全區城市建設的行政管理措施；參與城市總體規劃、各專項規劃、分區規劃和詳細規劃的審查、評估；參與編制城市建設發展計劃；負責城市市政工程建設工作，組織、協調、檢查、督促市政工程建設項目的前期、施工、驗收工作；指導監督全區市政行業有關技術規範和行業標準的執行；負責市政工程施工企業的資質管理和市政行業從業人員執業資格的註冊管理，參與城市建設綜合整治工作。
組織編制城市公用事業建設各項專業規劃、行業發展規劃；參與編制、調整年度城市市政設施維護、大中修計劃；制定公用事業管理和規範服務的行政措施，並負責檢查督促；負責公用事業行業管理、資質管理和對公用事業特許經營權項目進行監督管理；負責城市市政公用設施運行、安全和應急管理；負責城市道路挖掘、占用、施工和地下管網及排水許可的審批；負責樹木移伐、臨時占用綠地的審批工作；負責城市供水、燃氣和照明工程項目建設的前期、施工和驗收備案工作；負責城市供水、燃氣和照明的管理工作；負責城市建設統計工作。
承擔全區供水、燃氣、公***遊樂場所、市政工程安全的監督管理；負責建設工程項目文明施工管理，組織開展施工現場安全達標檢查工作；推薦上報南通市、省、國家優質（樣板）工程和文明標化工地；參與協調處理重大質量事故和重大安全事故。
負責人：陸明 擬定全區村鎮建設發展專業規劃，指導村鎮建設工作；參與全區村鎮規劃的論證、審查工作；指導村鎮建設市場管理和村鎮綜合開發工作；指導村鎮基礎設施建設與人居生態環境改善工程；指導村鎮建設適用技術的研究和推廣應用工作；指導村鎮建設、管理專業技術人員的培訓工作；組織編制和推廣村鎮住宅通用設計圖紙；負責村鎮建設統計工作。
負責人：蔔紅兵 負責全區建設工程監理、檢測、質量監督和工程造價工作；參與全區工程建設投資項目的可行性論證工作；參與審查新建和擴建工程建設投資項目的選址定點；組織建設項目技術論證及擴初設計審查；負責全區建設工程施工許可的管理工作；承擔全區建設工程勘察、設計的行業管理工作；負責全區建設工程勘察、設計及相關咨詢單位的資質監管工作；負責全區建設工程施工圖審查管理工作；負責工程建設項目的竣工驗收備案；監督管理重點項目建設；負責全區附建式人防工程建設的管理，指導城市地下空間的開發、利用和管理；指導、監督全區在工程建設、建設市場等方面的工作。根據業主申請，負責對涉及改變房屋結構的行為進行施工許可。
負責建造師執業資格的註冊申報工作。負責建築節能監督管理工作，組織科技項目攻關和新技術、新材料推廣應用；收集和發布有關建材價格信息。
組織修編全區抗震防災規劃和實施辦法；負責全區建設工程抗震設防工作；指導村鎮建設抗震設防工作；負責各類房屋建築及其附屬設施和市政設施抗震設防的監督管理，組織實施建設工程抗震設防專項審查；負責全區建設工程抗震設計審查；組織全區建設工程和抗震加固、房屋改造工程的抗震鑒定；組織抗震加固工程的竣工驗收、重大工程抗震事故的調查處理；負責震後建設工程的應急評估；參與擬訂地震災區恢復重建規劃，組織開展抗震宣傳，普及抗震防災知識，參與抗震系統人才培訓和抗震科學研究。
負責人：李新鋒
紀檢（監察）機構設置按上級有關規定執行。