當企業面臨員工的勞動糾紛賠償時，正確的會計處理是計入"應付職工薪酬"科目。這個科目涵蓋了廣泛的薪酬內容，包括職工的基本工資、獎金、津貼、補貼，以及社會保險費如醫療保險、養老保險、失業保險、工傷保險和生育保險，住房公積金，工會經費和職工教育經費，以及因解雇或勞動關系終止給予的補償。這些支付不僅限於員工在職期間，還包括離職後的相關福利，如因公傷亡職工家屬的撫恤金。
會計操作上，企業支付工資、獎金等會借記"應付職工薪酬"，同時貸記"銀行存款"或"庫存現金"。如果需要扣還員工的個人款項，如代墊的家屬藥費或個人所得稅，操作相反，借記"應付職工薪酬"，貸記"其他應收款"或"應交稅費——應交個人所得稅"。支付福利費、工會經費和教育經費時，也借記"應付職工薪酬"，貸記相應的銀行存款。為員工繳納的社會保險費和住房公積金，借記"應付職工薪酬"，同樣貸記"銀行存款"。最後，解除勞動關系的補償也通過這個科目進行記錄，借記"應付職工薪酬"，並貸記現金或銀行存款。
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