預算會計適用於各級政府財政部門、各級行政單位和各類事業單位，適用對象明顯是非盈利性的，故又稱非營利組織會計。企業會計適用於以營利為目的從事生產經營活動的各類企業。
2.會計的基礎不同
在預算會計中，行政單位的財政總預算會計和會計核算以收付實現制為基礎；事業單位會計根據單位實際情況分別采用收付實現制和權責發生制。企業會計以權責發生制為基礎。
3.不同的會計要素。
預算會計要素分為五類:資產、負債、凈資產、收入和支出。企業會計要素分為六大類:資產、負債、所有者權益、收入、費用和利潤。即使是同名的會計要素，在預算會計和企業會計中也有很大區別。
4.不同的會計等式
預算會計的身份是:資產十支出=負債+凈資產十收入。企業會計的身份是:資產=負債=所有者權益。
5.預算會計的內容和方法是特殊的。
在預算會計中，固定資產壹般應對應固定資金，固定資產不計提折舊；對外投資壹般對應投資基金；實行專款專用的辦法；壹般不實行成本核算，即使有成本核算，也是內部成本核算；壹般沒有損益核算。
擴展數據:
企業會計的確認、計量和報告以權責發生制為基礎。
權責發生制的會計基礎要求:凡是當期已經實現的收入和已經發生或者應當承擔的費用，不論款項是否收到或者付出，都應當作為當期的收入和費用計入利潤表；凡是不屬於本期的收入和費用，即使本期已經收付了款項，也不應當作為本期的收入和費用。這是權責發生制的企業會計基礎。
行政事業單位的會計基礎是收付實現制。
收付實現制的會計基礎要求:行政事業單位會計確認、計量和報告的基礎與企業會計基礎相對應。其會計基礎是收付實現制，確認收入和費用的基礎是收到或支付現金。
目前在我國，行政單位會計采用收付實現制，事業單位會計除業務經營可以采用權責發生制外，其他大部分業務也采用收付實現制。
參考資料:
百度百科-企業會計