註冊會計師的審計職能包括經濟監督職能、經濟鑒證職能和經濟評價職能，其中經濟監督職能是指通過對被審計單位的經濟活動進行審計、監督和督促，保證經濟責任的正確履行；經濟核實職能是指審計機關和審計人員對被審計單位的會計報表和其他經濟資料進行檢查和核實，以確定其財務狀況和經營成果是否真實、公允；經濟評價的職能是指審計機關和審計人員對被審計單位的經濟數據和活動進行審查，以尋求高效和有效的處理方法。
註冊會計師審計的作用主要在於通過實施審計工作，保證被審計單位的會計信息質量，維護投資者、債權人和其他利益相關者的利益。