第壹，培養目標不同
專業碩士和學術碩士處於同壹層次，培養規格不同，培養目標差異明顯。
專業碩士教育的突出特點是學術性和專業性緊密結合。獲得專業學位的人主要從事專業背景明顯的工作，如工程師、醫生、教師、律師、會計等，而不是學術研究。這是壹種以專業實踐為導向，強調實踐和應用，培養具有專業和專門技術的正規和高水平訓練的高級人才。
學術型碩士按學科設立，以學術研究為導向，強調理論和研究，培養大學教師和科研機構研究人員。
第二，培養方式不同
薛碩:？著力培養教學科研人才。
專業碩士:專業碩士是克服學術型碩士不足的新型碩士，重在培養市場應用型人才。
非全日制碩士(以下簡稱非全日制):在從事其他職業或社會實踐的同時，采取多種方式和靈活時間安排進行非全日制學習的研究生。
第三，申請條件不同。
專業碩士:部分專業與學術型碩士要求相同，但其中，工商管理、公共管理、工程管理、旅遊管理、工程碩士中的項目管理、教育碩士中的教育管理、體育碩士中的競賽組織。
申請條件為:大學畢業後有3年以上工作經驗的人員；或者取得國家承認的高等職業院校畢業證書後具有5年以上工作經歷，達到與大學專科畢業同等學力的人員；或取得碩士學位或博士學位並有2年以上工作經歷的人員。
學術碩士:具有國家承認學歷的本科畢業生(含普通高校、成人高校舉辦的成人高等教育本科畢業生)和可通過自學考試、網絡教育畢業的本科生，須在當年9月1日前取得國家承認的本科畢業證書。
具有國家承認的學士學位的人員；取得國家承認的高等職業院校專科畢業證書兩年(畢業至錄取當年9月1日，下同)及以上，取得國家承認的專科畢業證書畢業，並符合招生單位根據本單位培養目標對考生提出的具體學歷要求的，以同等學力本科畢業生身份報考；獲得碩士或博士學位的人員。