會計系統的控制方法有財務報告控制、賬簿控制、憑證控制。
會計系統控制內容包括：
1、根據國家相關法律法規，制定本單位會計制度。
2、明確會計憑證、會計賬簿和財務會計報告的處理程序。
3、建立和完善會計檔案保管和會計工作交接辦法。
擴展資料：
常見會計系統：
1、核算系統
也就是記賬用的了，便宜的也就很便宜，甚至聽說過有人買盜版的，幾塊錢壹張光盤，用起來。這種，基本就是把手工賬務電子化，可以自由設置科目，生成賬簿，自動匯總，等等。很多小企業有這麽壹套就很滿意了。
2、報表系統
做完了賬務，自然是要出報表的，報表功能是很多核算軟件自帶的，月末能自動生成資產負載表損益表甚至現金流量表。但是且慢，大公司的報表絕對不止這幾張，經常是月度報表中就要含有各種明細附表，若有壹套單獨的報表系統和賬務系統對接，那是很方便的。這套系統，不僅要能自動生成報表，還要支持各種查詢和備份。
3、預算系統
預算管理很重要，對不對?預算的審批和控制，那是天天要管的，若是手工去做，得時刻看壹眼預算額度、看壹眼報銷申請，累不累?能夠自動控制多麽好，來壹套預算管理系統，很有必要。
4、庫存系統
庫存的管理乃是非常復雜的事情，沒有壹套給力的管理系統，庫管就只能靠手工賬表對付了，而報給財務人員的，絕對也只能是手工表格。若有壹套庫存系統，每月自動過數據給會計核算系統，甚至自動生成分錄，多麽好!這個可以有，並且也是必須有，在很多行業裏還是特別重要的系統。
5、收入管理系統
在任何公司，收入都是重要的，大點的公司，會把收入細分到不能再細，左壹個分析，右壹個研究，而會計系統中的簡單數據是無法滿足這種需求的。那就做個專門的收入系統吧，每月的收入先進這個系統，完成整理後再生成分錄傳到會計系統。