(1)辦公室
組織協調機關日常工作。承擔綜合報告和文件的起草工作；負責重要會議和活動的組織工作；承辦文秘、政務信息、督查、保密、新聞宣傳、信訪、文件檔案、保密、值班、財務、接待等工作。；牽頭組織交通目標責任制考核和議案、提案辦理工作；負責辦公室的後勤管理。
(2)人事部門
承辦機關和部門的人事、勞資管理工作；承擔機關及所屬單位領導班子的管理工作；承擔交通行業幹部教育培訓、職業資格制度建設、技術職稱評定和職業技能鑒定工作；承辦智力引進和對外勞務合作工作；承辦相關外事工作；負責社會團體的業務工作；指導全省交通行業人才隊伍建設。
(3)政策法規司
研究提出全省交通行業發展政策、體制改革和結構調整方案並組織實施；組織起草交通運輸地方性法規草案，承擔相關立法規劃和協調工作；承擔交通運輸規範性文件的合法性審核；負責交通法制宣傳教育；承辦相關的行政執法、行政復議、行政訴訟和行政賠償；負責交通行業行政執法監督；負責交通行業行政執法人員的培訓和資格審查，行政執法證件的發放，執法證件、執法車輛和服裝的監督管理。
(4)綜合規劃辦公室(投資促進辦公室)
組織制定全省綜合交通運輸體系的規劃和發展戰略並承擔相關協調工作；組織起草公路水運行業規劃、中長期發展規劃和專項規劃；參與制定物流發展戰略和規劃，提出相關政策和標準；承擔相關規劃建設項目可行性研究的前期工作審核；提出我省交通相關專項資金的投資政策、建議和預算，並監督實施；承擔本行業的招商工作；負責和指導交通行業的統計和信息工作；指導交通樞紐站場規劃。
(5)財務收費管理辦公室
制定並組織實施全省交通行業財務會計、國有資產和專項資金管理制度；負責交通發展基金的籌集、管理和使用；負責專項資金、決算、政府采購、外匯、信貸和利用外資等相關財務工作；擬訂公路水運收費政策並監督實施，負責收費公路的管理；負責本部門所屬企業、事業單位國有資產的監督管理；指導全省交通行業的財務會計工作。
(6)建設管理辦公室
組織制定交通基礎設施建設和維護的相關政策和制度，並監督實施；承擔公路水運建設市場監管工作，維護公路水運建設市場平等競爭秩序；承擔重點公路水運工程的設計審批、施工許可、工程造價、質量監督和竣工驗收；監察和協調快速公路和重要主幹道路網的運作；指導公路、水路交通安全設施建設；參與制定公路、水路年度計劃和中長期發展規劃；參與質量和安全事故的調查；指導農村公路建設。
(七)綜合運輸管理處(出租汽車行業指導辦公室)
參與制定全省綜合交通運輸體系發展戰略和規劃，承擔綜合交通運輸體系建設和發展的協調工作；承擔全省道路水路運輸市場監管工作，指導全省道路水路運輸管理工作，制定相關政策、制度和標準並監督實施；承擔交通樞紐和交通場站的初步設計審查、建設和運營管理；承擔物流市場管理工作；參與道路、水路運輸事故的調查；指導城市客運管理，承擔公共汽車、出租汽車、汽車租賃、城市地鐵和軌道交通運營的指導；承擔省際客運管理；承擔港航監督管理和船舶技術檢驗工作。
(8)安全監督辦公室(應急辦公室)
制定公路水路安全生產政策和應急預案並監督實施；指導全省交通行業安全生產和應急處置體系建設；承擔公路水路運輸企業交通基礎設施建設和安全生產的監督管理；負責危險化學品道路、水路運輸的安全監督管理；依法組織或者參與相關事故的調查處理；組織協調國家重點物資運輸和應急客貨運輸。指導全省防汛、防疫、防震、消防等工作，協調全省突發公共事件的交通運輸保障工作。
(9)科學技術部
組織制定科技、教育、信息化、環境保護、節能減排、交通基礎設施建設和維護的政策，並監督實施；編制交通行業科技、技術改造和技術培訓的中長期發展規劃和年度計劃；負責管理交通行業的交通職業技術教育和技術培訓；承擔相關標準、質量和計量工作；開展交通科技開發、成果推廣、對外技術合作與交流；承擔綜合交通運輸體系相關標準的協調工作。
(10)公安部門(路政管理部門、省公安廳交通公安處)
承擔交通治安、安全保衛、路政、綜治和維穩工作；指導全省交通治安管理工作；承擔辦公室的安保工作。
(11)固化過載。
組織制定交通行業治超政策、制度和標準，並監督實施；組織路政等道路交通行政執法人員開展路面執法，查處違法超載車輛；負責道路貨物運輸的源頭管理；承擔公路治超站的規劃、建設和管理；負責治超信息管理系統的建設和運行管理。
(十二)審計辦公室
指導全省交通行業內部審計工作；承擔企事業單位財務收支、預算內外資金、領導幹部任期經濟責任、固定資產投資項目、交通規費、交通基礎設施建設資金使用的內部審計；負責外部審核的協調和審核結果的應用。
(十三)行政審批管理辦公室
(14)部直屬機關黨委。
機關黨委負責機關和直屬單位的黨群工作。
(15)離退休人員管理處
離退休人員辦公室負責機關離退休人員的管理和服務工作，指導直屬單位離退休人員的管理和服務工作。
(十六)省交通戰備辦公室。
省國防動員委員會交通戰備辦公室(以下簡稱省交通戰備辦公室)承擔省國防動員委員會交通戰備日常工作，隸屬省交通運輸廳。負責組織、管理和指導全省交通戰備工作。
(十七)駐紀檢組、監察室。
紀檢監察機構執行晉辦發〔2005〕17號文件(5名行政工作人員已移交省紀委統壹管理)。
(十八)省級公路運輸工會。
山西公路運輸工會是省交通廳黨組和省總工會領導下的交通行業工人階級的群眾組織。根據省總局有關文件和省機構編制審批通知，其主要職責是:
1，認真貫徹黨的路線、方針、政策，根據部黨組和上級工會確定的工作目標和任務，依據《工會法》和總局、省總的方針，組織開展全系統工會工作；
2、監督檢查黨組和上級工會的決議、決定和指示的執行情況；
3.突出工會維護職能，加強工會組織建設，引導各級工會廣泛深入開展共建職工家園活動，增強基層工會活力；
4、全面推進工會宣傳，加強職工教育，努力提高全系統職工素質，搞好職工文化，開展職工體育活動，總結推廣典型經驗，幫助下屬和基層解決困難問題；
5.組織發動交通系統廣大職工開展社會主義勞動競賽，充分調動和發揮職工的積極性和創造性，為交通事業的發展做出貢獻；
6.掌握和了解困難員工的生活狀況、願望和需求，實施送溫暖工程；組織員工開展互助活動，千方百計為困難員工做好事，做好事，解決難題；
7、加強基層民主政治建設，負責指導工會組織職工參與企事業單位的民主管理、民主決策和民主監督；紮實推進全系統基層單位開好職代會；
8.組織和指導工會勞動法律監督，推進勞動工資平等協商和勞動合同鑒定，為職工和下級工會提供法律援助和法律服務，會同有關部門查處侵害職工和工會合法權益的重大案件；
9、負責和指導下級工會經費的收繳、核算、財務管理；負責本級工會經費的預算、決算、核算和管理；負責對本級和下級工會經費的使用進行監督、檢查和審查；加強對下級工會財務工作的審計；
10，圍繞工會中心工作和工作中的熱點難點開展調查研究，為領導科學決策提供必要的服務保障；
11.加強對重點工程、重點項目的指導和建立工會；突出農民工和外來務工人員的服務功能，幫助他們維護合法權益，做好工會系統的信訪工作；
12.完成黨委和省總工會交辦的其他工作。