招生對象原則上為符合醫師資格考試條件的應屆或往屆本科畢業生。對已取得住院醫師規範化培訓合格證書的人員，原則上不得報考醫學碩士專業學位研究生。為貫徹落實教育部等六部門《關於深化臨床醫學人才培養改革的意見》(教研[2014]2號)精神，促進專業學位研究生教育與住院醫師規範化培訓制度的有機銜接，復旦大學臨床醫學/口腔醫學專業研究生教育自2016年起與上海市住院醫師規範化培訓全面接軌，具有研究生和住院醫師雙重身份，由高校錄取。其臨床培訓將按照國家制定的住院醫師規範化培訓標準進行培訓和考核。合格的臨床醫學/口腔醫學專業碩士研究生可獲得四個證書，即醫學碩士學位證書及相應的碩士學位證書、醫師資格證和住院醫師規範化培訓證書。
二、專業學位研究生，即專業碩士。其目的是培養理論基礎紮實，符合特定行業或職業實際需要的應用型高級專門人才。專業學位以專業實踐為導向，重視實踐和應用，培養在專業和專門技術上經過正規和高水平訓練的高級人才。專業學位教育的突出特點是學術性和專業性緊密結合。取得專業學位的主要從事專業背景明顯的工作，如工程師、醫生、教師、律師、會計等。
復旦大學，創建於1905，是壹所985工程院校。二級學科有11個壹級學科，19個國家重點學科。