(壹)辦公室(政工人事部、黨委)
負責協調辦公室的工作；負責文秘、翻譯、檔案、機要、保密、財務、資產管理、安全保衛等工作；負責財務信息和財務宣傳。(由秘書科和財務科組成)
政治工作部(政工人事部、黨委)負責辦公室的政治思想工作、宣傳教育、計劃生育工作；負責機關及所屬單位的人事工作、區內外離退休人員管理、機關所屬企事業單位會計職稱評聘工作；負責部門系統幹部的業務培訓，管理財務部幹部培訓中心，指導全區財政系統的業務培訓；協調相關部門承擔財務部委托的金融類畢業生分配派遣工作；負責指導管理部門下屬企事業單位的人事工作、工資福利審批；負責機關黨組織建設，黨員教育管理，黨員發展，指導黨支部開展黨的活動，指導職工、青年婦女和工人。
(2)綜合辦公室(稅收管理辦公室、法律事務辦公室)
編制中長期財務規劃，研究財務發展戰略和分配政策；分析全區金融經濟運行情況；提出運用財稅政策實施經濟調控的建議，對住房、物價、國有土地使用制度等經濟體制改革的調整和改革提出政策建議；負責財務研究工作；負責綜合財務統計；負責全區行政事業性收費及相關政策管理和收費設立，托管自治區票據管理中心:負責外國政府貸款業務；負責指導全區非貿易外匯財務管理，審批黨政幹部因公用匯指標；研究擬定我區稅制建設規劃、稅制改革方案和稅收管理體制，擬定、審核、協調中央委托我區地方稅的稅收政策；參與全區稅源和收入結構的普查、統計、分析和調查；承擔關稅政策的聯絡工作；擬訂財政立法規劃和年度立法計劃，起草地方財稅法規草案；審查地方部門法規草案中的有關財稅條款；負責財政稅收法規匯編和財政系統法制宣傳教育，辦理財政行政復議事項。
(3)預算辦公室
負責編制自治區總預算和自治區部門預算，負責自治區和和平街道的資金分配；負責編制全區年度預算(草案)；管理投入項目庫的財政專項資金，匯總核定各部門人員經費和公用經費的標準和定額；審查和批準部門預算:提出開源節流、平衡財政收支的政策、措施和建議；研究制定全區預算外資金管理政策，編制自治區預算外資金收支計劃；統壹辦理預算追加:起草自治區與地、州之間的分配政策草案，指導地、州、縣的財政工作，監督財政資金的使用效益；監督信托和證券的財務工作。
(4)行政文化教育司
負責制定行政事業經費財務管理制度，組織實施行政單位財務制度和事業單位財務制度；會同主管部門研究提出開支標準和定額建議；研究提出預算部門下壹年度應考慮的因素；研究提出財政支持項目，組織可行性分析和論證，提出預算安排的重點和順序；審核並提出下壹年度專項資金預算建議；跟蹤專項資金的使用效益，監督項目實施中資金的管理和使用以及資金的配套到位情況，進行項目完成後的效益評估，制定部門、單位和項目資金使用的財務管理辦法。
方法；審查主管部門和單位的年度財務報表；負責全區行政事業單位國有資產管理工作。
(5)經濟建設司
參與制定財政投資領域的政策和項目安排計劃；審查財政投資建設項目的預算(概算)和決算，參與工程招標和財政投資項目建設管理；分析和評價金融建設項目的效益；管理財政專項基本建設資金，監督部門和單位自籌基本建設資金；參與建築安裝工程概算和取費標準的制定；會同主管部門研究提出開支標準和定額建議；研究提出財政支持項目，組織可行性分析和論證，提出預算安排的重點和順序；審核並提出下壹年度專項資金預算建議；跟蹤專項資金的使用效果，監督項目實施中資金的管理和使用以及資金的配套到位情況，評價項目完成後的效益，制定部門、單位和項目資金使用的財務管理辦法；審查主管部門和單位的年度財務報表。
(6)農業部
負責編制全區支農資金中長期規劃；參與農牧業綜合開發項目的研究、立項和財務管理；管理糧食自給項目，協調有關部門撥付糧食自給項目資金，參與項目管理；參與制定促進農業科技進步和農業人口財政金融的政策和制度；參與農業項目評審、項目立項和管理的制定，監督資金使用，參與項目竣工驗收；會同主管部門研究提出開支標準和定額建議；審核並提出下壹年度專項資金預算建議；跟蹤專項資金的使用效果，監督項目實施中資金的管理和使用以及資金的配套到位情況，評價項目完成後的效益，制定部門、單位和項目資金使用的財務管理辦法；審查主管部門和單位的年度財務報表。
(7)企業辦公室
參與自治區產業政策和企業政策的研究；統壹管理國有企業和自治區駐內地辦事處企業(農業部門主管企業除外)的資產和財務；負責全區糧食和糧食企業的財務監督管理；負責貫徹執行企業財務通則，執行和制定企業國有資產基礎管理的各項制度；組織實施國有資產產權界定、登記、出讓、轉讓、爭議調解和仲裁；負責全區資產評估項目的立項審查和確認，制定企業分配關系改革的相關政策；國有資產移交收入；參與國有企業的租賃、拍賣、兼並、破產、企業集團和股份制改革，制定相應的財務管理辦法；負責審批與企業相關的財政補貼；管理技術改造、簡易建築、科技等專項資金；參與國企工資、住房、社保、物價改革。
企業部門負責統計評價、統計分析全地區國有資本並匯總相關信息；制定清產核資辦法，組織實施清產核資；組織國有資本統計信息網絡建設。
(8)監督檢查局(財務室)
監督檢查全區單位預算執行情況和本部門職能處(室)的業務活動，對違法違紀行為提出處理意見；研究制定金融監管措施。受財政部委托，對中央直屬單位實施財政監督，承擔自治區財政檢查的日常工作；組織貫徹國家制定和頒布的有關會計法律、法規和制度，並檢查執行情況:負責制定全區會計管理法規和辦法，管理全區會計人員，組織會計人員的專業培訓；負責會計委派制試點工作:組織實施會計專業技術資格考試和會計系列高級技術資格的評審申報；監督自治區內會計師事務所等中介機構的執業質量；管理和指導自治區註冊會計師協會。
(9)社會保障部
參與研究社會保障制度的改革措施和相關政策；編制自治區壹級的社會保障預算草案；爭取中央財政幫助我區建立和完善社會保障體系；管理屬於自治區財政預算的社會救災、就業、醫療保險(含免費醫療)的財政和資金；制定職工退休、養老等社會保障基金的財務管理制度；組織實施對社會保障基金使用的財務監督。
(10)財政部(政府采購管理辦公室)
負責協調財政、稅務和國庫之間的工作關系；負責財務審計相關工作；提出並制定國庫管理制度；負責自治區財政資金的調度；跟蹤和分析預算執行情況；負責總預算的核算，辦理預算內外資金的結算和劃轉；匯總自治區各部門決算，會同有關部門編制自治區財政決算；負責政府采購，統計分析全區政府采購信息，研究實施國庫集中支付制度；牽頭管理部門和單位人員工資分配的銀行化；指導全區社會團體購買力管理工作，辦理自治區級審批工作。
負責起草政府采購管理的地方性法規、規章和制度，編制預算需求和計劃，執行年度預算；審核並支付采購資金；準備采購目錄；承辦除公開招標以外的采購方案和采購方式的審批；監督采購合同的制定和履行，承擔采購合同補充、修改和終止的審批工作；制定采購供應商資格認證、備案和監督辦法，並依法進行管理；制定采購評審專家資格管理辦法；負責監督檢查政府采購活動；承辦自治區財政廳交辦的其他工作。
(十壹)紀檢組(監察室)
貫徹紀檢監察工作方針，負責處理人民來信來訪，受理群眾舉報；負責機關系統的黨風廉政建設和黨員幹部職工違紀違法案件的查處；負責部門系統的黨紀、黨風教育和糾正部門、行業不正之風的工作；承辦自治區紀委(監察廳)交辦的其他工作。
(12)政策研究室
擬訂財政政策研究的中長期規劃和年度計劃，並負責組織實施；組織財政經濟科學研究，重大問題的調查研究和特定課題、項目的審批；負責項目和項目實施的日常管理、協調和監督；組織課題和項目成果的評審；管理辦公室財政政策研究專項經費；指導地方(市)財政政策的研究工作；承擔財務部綜合材料的起草工作；編輯出版《西藏金融研究》等。
(十三)自治區農牧業稅改試點工作領導小組辦公室(掛靠辦公廳，與辦公廳合署辦公)
負責起草農牧區稅費改革試點方案和實施方案；擬定我區農牧區稅費改革涉及的各項配套政策；擬定我區農牧區稅費改革專項轉移支付資金的中央財政分配方案和向下轉移支付辦法；負責農牧區稅費改革試點工作的分析和總結；承辦領導小組交辦的其他工作。