20世紀末，在時任國務院總理朱镕基的倡導和推動下，國務院於7月批準成立國家會計學院，1998。當時，該研究所是國務院機構，由財政部管理，其教學管理依靠清華大學。2002年，財政部發文將學院更名為“北京國家會計學院”。2012學院並入財政部直屬事業單位編制。
學院自成立以來，秉承朱镕基總理“以誠為本、以德為先、恪守準則、不做假賬”的辦學宗旨，為中國宏觀經濟管理部門、大中型企業和社會中介機構培養了壹大批高級會計審計人才。經過多年的發展，學院形成了以學歷教育、短期培訓和遠程教育為主的教育培訓體系。學院擁有壹支精通前沿理論並具有豐富實踐經驗的優秀教師隊伍。在研究生培養過程中，明確提高職業能力的培養目標，突出應用型人才培養的特色，註重實踐性和啟發性教學。目前，相當比例的畢業生在大型企業和會計師事務所發揮著關鍵作用。
學院實行黨委領導下的院長負責制。董事會由財政部、中組部、國家發展和改革委員會、國務院國有資產監督管理委員會、商務部、教育部、人力資源和社會保障部、中國人民銀行、審計署、國家稅務總局、中國證券監督管理委員會、中國銀行業監督管理委員會、 國務院臺灣事務辦公室、北京市人民政府、上海市人民政府、福建省人民政府、廈門市人民政府的理事長由財政部部長擔任。
學院位於北京順義天竺開發區，總占地面積343畝，建築面積1.2萬平方米。其中，壹期工程1998於4月開工建設，2001年5月投入使用；二期工程於2011年3月開工建設，2016年4月投入使用。學院擁有壹流的現代化基礎設施和信息網絡系統，可提供多媒體教學和遠程教學，可同時容納1500名培訓生和400名全日制研究生。