1.抵扣聯丟失前已認證，發票聯可備查；未認證的，必須經稅務機關認證，復印件備查。
2.發票遺失的，應當重新開具發票，並註明遺失發票的相關信息。
3.已填開的發票如有遺失，需取得原開具單位的證明，註明原發票信息，經辦人單位負責人認可，可作為原始憑證使用。
4.如全部遺失，買方可憑賣方提供的記賬聯復印件和稅務機關出具的證明，經審核後作為進項增值稅抵扣憑證。
原始發票管理系統:
1.原始發票的保管要求:原始發票應在規定的期限內妥善保管，以備稅務、審計部門查驗；
2.原始發票的接收和登記:企業應建立發票接收和登記制度，明確接收人、數量和接收目的，並做好登記；
3.原始發票的審核和認證:發票入賬前，應由專人審核其真實性和合規性，並履行必要的認證程序；
4.原始發票的作廢和報廢:對錯誤或不再使用的原始發票，按規定程序作廢或報廢，並記錄在案；
5.原始發票電子化管理:隨著技術的發展，企業可以采用電子發票系統，實現原始發票的電子化管理，提高效率和準確性。
綜上所述，原始發票丟失時，應根據是否經過認證采取不同的核算方法，包括使用復印件備查、重新開具發票、取得原開具單位的證明、使用記賬復印件和稅務機關的證明等。，保證增值稅進項稅額的正確抵扣和會計記錄的合規性。
法律依據:
發票管理辦法
第三十五條
未按照規定儲存、保管發票的，由稅務機關責令改正，可以處以壹萬元以下的罰款。按照上述規定，行政處罰自由裁量權的標準為: (壹)在規定期限內改正的，每組罰款100元，罰款總額不超過10000元；(二)在規定期限內未改正的，每組罰款200元，罰款總額不超過1萬元；(三)情節嚴重的，每組罰款壹千元，罰款總額不得超過壹萬元。