第壹，企業進行自我評價。
企業在申請高新技術企業認定前，應認真閱讀相關文件和認定標準，並根據認定辦法進行客觀的自我評價。認為符合認定條件的，可以在“高新技術企業認定管理網”上註冊企業。
二、網上報名
企業登錄“高新技術企業認定管理網”並按要求填寫《企業登記表》，通過網絡系統提交給認定機構。認可機構在網絡系統上核對企業註冊信息並確認激活後，企業即可進行後續申報工作。
三、企業提交的材料
企業登錄“高新技術企業認定管理網”，按要求填寫《高新技術企業認定申請表》，通過網絡系統提交給認定機構，並向認定機構提交以下書面材料:
1.高新技術企業認定申請書(網上打印，簽字並加蓋企業公章)；
2.企業高新技術產品(服務)關鍵技術和技術指標的具體說明、相關生產批準文件、認證認可、資質證書、產品質量檢驗報告等材料；
3.證明企業依法成立的營業執照復印件及其他相關登記證明；
4 .企業職工和科技人員信息材料，包括在職、兼職和臨時職工人數、人員學歷結構、科技人員名單及其工作崗位等。；
5.有資質的機構出具的高新技術產品(服務)最近三個會計年度(實際使用年限不足三年的，下同)研發費用和收入的專項審計或驗證報告，並附研發活動說明材料；
6.經有資質的中介機構認證的企業最近三個會計年度的財務會計報告(包括會計報表、會計報表附註和財務報表)；
7.知識產權相關材料(知識產權證書及反映技術水平、參與標準制定等情況的證明材料。)、科研項目立項證明(受理或結題項目需提交受理或結題報告)、科技成果轉化(逐項說明總體情況及轉化形式和應用效果)、研發組織管理(具體說明總體情況和四項指標)等相關材料；
8.對最近三個會計年度的企業所得稅年度納稅申報表(包括主表和附表)，高新技術企業認定申請材料應進行解密，確保涉密信息安全，申報表必須加蓋主管稅務局業務專用章。
第四，專家評審
認定機構收到企業完整的申請材料後，組織專家評審，專家組長匯總專家評分，根據平均分填寫《高新技術企業認定專家組綜合評價表》。有條件的地區可以進行網絡審查。認定機構結合專家組的評審意見，對申請企業的申請材料進行全面審查(視情況對部分企業進行實地核查)，提出認定意見，確定認定高新技術企業名單，並報領導小組辦公室備案。
動詞 （verb的縮寫）確認和備案
認定機構結合專家組的評審意見，對申請企業的申報材料進行全面審核(視情況對部分企業進行實地核查)，提出認定意見，確定認定高新技術企業名單，並報領導小組辦公室備案，提交時間不得晚於每年11年底。
不及物動詞公告
經認定備案的企業名單由領導小組辦公室在“高新技術企業認定管理網”公示10個工作日。無異議的，予以備案，認定時間以公示時間為準，頒發證書編號，並在“高新技術企業認定管理網”上公布企業名單，認證機構向企業頒發統壹印制的《高新技術企業證書》(加蓋認證機構科技、財稅部門公章)；如有異議，應以書面形式向領導小組辦公室提出，由評審機構核實處理。
領導小組辦公室可對申報企業進行抽查，並將存在問題的企業交由認定機構核實情況並提出建議。
如果企業沒有經驗或者沒有專人整理資料，可以尋求第三方中介公司申報，可以節省很多時間。