根據《土地增值稅暫行條例》及相關規定，納稅人轉讓不動產時，應當按照當地稅務機關規定的預征比例預繳土地增值稅，待土地增值稅清算條件具備時再進行土地增值稅清算，做到多退少補。
例:某房地產開發企業在商品房預售階段預繳土地增值稅654.38+0萬元，預繳土地增值稅時的會計處理；
借:應交稅費-應交土地增值稅654.38+0萬元。
貸款:銀行存款654.38+0萬元。
根據企業所得稅相關政策規定，企業當期發生的稅金及附加，在計算年度企業所得稅時可以據實扣除。因此，企業預繳的土地增值稅為654.38+0萬元，雖暫計入應交稅金借方科目，但在計算企業所得稅時可按實際發生額扣除。納稅調整期間，增加實際已繳及附加654.38+0萬元，減少應納稅所得額654.38+0萬元。
當然，也有少數企業在會計核算中直接計入預繳的土地增值稅。這種情況下，在計算企業所得稅時，不需要進行納稅調整。
開發項目竣工交付時，根據企業會計準則的規定，銷售收入的確認條件已經滿足，企業需要確認商品房銷售收入，結轉銷售成本。對於原計入“應交稅金——應交土地增值稅”科目借方的待攤土地增值稅，可按照配比原則結轉到稅金及附加科目。