選項A正確，選項B不正確。對於審計中發現的非財務報告內部控制的重大缺陷，註冊會計師應當以書面形式與企業董事會和經理層進行溝通；選項C和D是正確的。在內部控制審計報告中增加非財務報告內部控制重大缺陷的說明部分，披露重大缺陷的性質及其對實現相關控制目標的影響，以提醒內部控制審計報告使用者關註相關風險，但無需對其發表審計意見。綜上所述，這道題應該選擇ACD。