1.有些代理記賬公司沒有與委托單位簽訂正式的代理合同，對雙方的權利義務缺乏明確的規定。他們在實際工作中遇到異議，往往分不清責任。因此，企業在選擇代理機構時應該更加謹慎。
2.個別“代理記賬公司”無代理記賬資質(市財政局批準的代理記賬許可證、會計上崗證等。)，並且可以避免出現問題，損害委托單位的利益。這也是小企業在選擇代理服務公司時必須註意的事情。
3.財務軟件需要在財政局備案後才能使用，部分代理記賬機構不使用財政部批準的財務軟件代替人工記賬。
4.會計資料交接麻煩，不規範。代理記賬單位在接受委托單位的原始會計憑證和資料時，未辦理交接手續，發現丟失或損毀時無法查找。
5.壹般代理記賬機構提供定期或定期上門服務，日常業務可以電話溝通。會計不在任何時候處理和查閱單位內的業務。