根據檢查核實後壹般納稅人當期全部的銷項稅額與進項稅額（包括當期留抵稅額），重新計算當期全部應納稅額，若應納稅額為正數，應當作補稅處理，若應納稅額為負數，應當核減期末留抵稅額。
法律依據：
《國家稅務總局關於增值稅壹般納稅人發生偷稅行為如何確定偷稅數額和補稅罰款的通知》（國稅發[1998]66號）第二條規定：關於稅款的補征：偷稅款的補征入庫，應當視納稅人不同情況處理。
應納稅額=應納稅所得額× 適用稅率 - 減免稅額 - 抵免稅額
=（收入總額 - 不征稅收入 - 免稅收入 - 各項扣除 - 允許彌補的以前年度虧損）×適用稅率 - 減免稅額 - 抵免稅額
公式中的減免稅額和抵免稅額，是指依照企業所得稅法和國務院的稅收優惠規定減征、免征和抵免的應納稅額
擴展資料《中華人民***和國企業所得稅法》關於應納稅額的條款
新企業所得稅法第三章 應納稅額
第二十二條 企業的應納稅所得額乘以適用稅率，減除依照本法關於稅收優惠的規定減免和抵免的稅額後的余額，為應納稅額。
第二十三條 企業取得的下列所得已在境外繳納的所得稅稅額，可以從其當期應納稅額中抵免，抵免限額為該項所得依照本法規定計算的應納稅額；超過抵免限額的部分，可以在以後五個年度內，用每年度抵免限額抵免當年應抵稅額後的余額進行抵補。
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