自主研發可以使企業依靠自己的力量完成會計信息系統的各個環節，包括需求分析、系統設計、程序代碼編寫、測試、系統維護和升級。這樣企業就可以擁有所開發軟件的全部版權，享受全部收益，更好地保護知識產權。同時，自主研發也意味著企業需要投入大量的資金和人力資源，並承擔相應的風險。因此，只有那些資金雄厚、R&D團隊和技術實力完善、高度重視獨立R&D能力和知識產權保護的企業，才適合選擇獨立R&D建設會計信息系統。