主要有以下七個財務問題需要企業提前關註並解決。
壹、會計政策適用問題
新三板IPO企業在適用會計政策方面常見問題主要體現在：壹方面是錯誤和不當適用，譬如收入確認方法模糊;資產減值準備計提不合規;長短期投資收益確認方法不合規;在建工程結轉固定資產時點滯後;借款費用資本化;無形資產長期待攤費用年限;合並會計報表中特殊事項處理不當等。另壹方面是適用會計政策沒有保持壹貫性，譬如隨意變更會計估計;隨意變更固定資產折舊年限;隨意變更壞賬準備計提比例;隨意變更收入確認方法;隨意變更存貨成本結轉方法等等。對於第壹類問題務必糾正和調整，第二類問題則要註重選擇和堅持。
二、會計基礎重視問題
運行規範，是企業掛牌新三板的壹項基本要求，當然也包括財務規範。新三板IPO企業，特別是民營企業，在會計基礎方面存在兩個方面的問題，壹方面是有“規”不依，記錄、憑證、報表的處理不夠規範，甚至錯誤，內容上無法銜接或不夠全面;另壹方面是“內外”不壹，由於存在融資、稅務等多方面需求，普遍存在幾套帳情況。這不僅讓企業的運行質量和外在形象大打折扣，還勢必影響好企業掛牌，當然更會影響企業今後的IPO。建議嚴格執行相關會計準則，充分認識到規範不是成本，而是收益，養成將所有經濟業務事項納入統壹的壹套報賬體系內的意識和習慣。
三、內部控制提升問題
企業內部控制是主辦券商盡職調查和內核時關註的重點，也是證券業協會等主管備案審查的機構評價的核心。從內部控制的範圍來看，包括融資控制、投資控制、費用控制、盈利控制、資金控制、分配控制、風險控制等;從內部控制的途徑來看，包括公司治理機制、職責授權控制、預算控制制度、業務程序控制、道德風險控制、不相容職務分離控制等。壹般來說，內部控制的類型分為約束型控制(或集權型控制)和激勵型控制(或分權型控制)。通常情況下，中小型企業以前者為主，規模型企業可采取後者。另外，內部控制不僅要有制度，而且要有執行和監督，並且有記錄和反饋，否則仍然會流於形式，影響掛牌。
四、企業盈利規劃問題
雖然新三板掛牌條件中並無明確的財務指標要求，對企業是否盈利也無硬性規定，但對於企業進入資本市場的客觀需要來說，企業盈利的持續性、合理性和成長性都顯得至關重要。因此，要對企業盈利提前規劃，並從政策適用、市場配套、費用分配、成本核算各方面提供系統保障。盈利規劃主要包含盈利規模、盈利能力、盈利增長速度三個方面，必須考慮與資產負債、資金周轉等各項財務比率和指標形成聯動和統壹。從真正有利於企業發展和掛牌備案的角度來看，盈利規劃切忌人為“包裝”，而是要註重其內在合理性和後續發展潛力的保持。
五、資本負債結構問題
資本負債的結構主要涉及的問題有：權益資本與債務資本構成;股權結構的集中與分散;負債比例控制與期限的選擇;負債風險與負債收益的控制等。以最為典型的資產負債率為例，過高將被視為企業償債能力低、抗風險能力弱，很難滿足掛牌條件，但過低也不壹定能順利通過掛牌審核，因為審批部門可能會認為企業融資需求不大，掛牌的必要性不足。因此，適度負債有利於約束代理人道德風險和減少代理成本，債權人可對當前企業所有者保持適度控制權，也更有利於企業掛牌或IPO融資。因此，基於這樣的考慮，對企業的資產、負債在掛牌前進行合理重組就顯得格外重要。
六、稅收方案籌劃問題
稅收問題是困擾新三板IPO企業的壹個大問題。對於大多數中小企業來說，多采取采用內外賬方式，利潤並未完全顯現，掛牌前則需要面對稅務處罰和調賬的影響。主要涉及的有土地增值稅、固定資產購置稅、營業收入增值稅、企業所得稅、股東個人所得稅等項目。如果能夠通過稅務處罰和調帳的處理解決，還算未構成實質性障礙，更多的情況是，壹方面因為修補歷史的處理導致稅收成本增加，另壹方面卻因為調整幅度過大被認定為企業內控不力、持續盈利無保障、公司經營缺誠信等，可謂“得不償失”。因此，稅收規劃壹定要提前考慮，並且要與盈利規劃避免結合起來。另外，在籌劃中還要考慮地方性稅收政策和政府補貼對企業贏利能力的影響問題。
七、關聯交易處理問題
關聯交易的正面影響反映在可提高企業競爭力和降低交易成本，負面影響在於內幕交易、利潤轉移、稅負回避、市場壟斷等。因此，無論是IPO還是新三板掛牌，對於關聯交易的審查都非常嚴格。從理想狀況講，有條件的企業最好能夠完全避免關聯交易的發生或盡量減少發生，但是，絕對的避免關聯交易背後可能是經營受阻、成本增加、競爭力下降。因此，要辯證的看待關聯交易，特別要處理好三個方面的問題，壹是清楚認識關聯交易的性質和範圍;二是盡可能減少不重要的關聯交易，拒絕不必要和不正常的關聯交易;三是對關聯交易的決策程序和財務處理務必要做到合法、規範、嚴格。
“新三板”市場原指中關村科技園區非上市股份有限公司進入代辦股份系統進行轉讓試點，因為掛牌企業均為 高科技企業而不同於原轉讓系統內的退市企業及原STAQ、NET系統掛牌公司，故形象地稱為“新三板”。
新三板的意義主要是針對公司的，會給該企業，公司帶來很大的好處。目前，新三板不再局限於中關村科技園區非上市股份有限公司，也不局限於天津濱海、武漢東湖以及上海張江等試點地的非上市股份有限公司，而是獲得國務院批準全國性的非上市股份有限公司股權交易平臺，主要針對的是中小微型企業。