1、會計監督工作開展的範圍不夠健全：在會計集中制的核算形式下，會計人員脫離了各委派單位的實際業務開展工作，從而導致會計監督的工作難以落實到位。
2、無法完全杜絕財政支出的問題：會計集中核算制對單位經濟業務缺乏全面性的了解，從而導致單位財政支出的問題無法被有效地進行研究分析。
3、專業的核算工作人員數量較少且核算工作量大：會計集中核算制要求單位調動壹定數量的工作人員開展核算工作，且工作內容較多，容易導致單位人手難以勝任情況的出現。
4、核算制度的內容落後於業務發展的趨勢：會計集中核算制的設立時間較短，因此其各項規章制度還不能完全適應不斷發展的業務需求。