城市建設管理局有五個內設機構。
(1)辦公室
負責機關的日常事務；負責業務整合、黨務、人事和勞動工資；按照幹部管理權限，負責局機關系統各單位的領導班子建設；負責信訪、老幹部服務、文電、信息、檔案、安全、保密、精神文明建設、後勤服務、外事接待等行政工作。
(2)規劃和財務科
負責公用事業的發展戰略和中長期規劃；組織編制行業技術引進計劃、年度固定資產投資計劃和利用外資計劃；負責相關項目的審計；制定本行業計劃統計和財務會計的改革措施和規章制度；負責城市基礎設施費用的管理；指導行業財務指標匯總，執行行業會計制度；負責代理財務。
(3)政策法規科
研究擬定全市城建體制改革方案和規範性文件；負責政策法規的解釋、清理和匯編；負責城市綜合執法
行政執法監督；負責城市建設管理的行政復議和行政訴訟；負責城建體制改革相關政策的調研，承擔全市城建系統執法人員的培訓和法制宣傳；負責本系統的行政審批制度改革。
(4)城市建設部分
制定環衛、市政、園林的發展戰略和中長期發展規劃；指導環衛、市政、園林管理工作，擬定經營承包指標，承擔主要經濟技術指標完成情況和生產調度的考核；負責城市道路橋涵、市政設施、防洪和城市道路橋梁收費站的管理；負責環衛、市政、園林業務的技術標準和相關企業的資質審查；負責全市城市綠化、園林綠地、市容改善和環境衛生的管理；指導縣(市)城市供水工作。
(5)公用事業科
負責燃氣、熱力和公共客運的管理；參與城市土地利用總體規劃的審查和重大建設項目的選址；負責歷史文化名城名鎮的審批、保護和監管，承擔國家、省、市風景名勝區的定級、規劃、審批工作；指導城市雕塑布局和城建檔案管理。