辦公室：負責協調本所日常工作。
黨委辦公室：負責本所黨委、紀委日常工作。
人力資源部：負責本所人力資源規劃管理工作。
財務部：負責本所財務管理工作。
稽核審計部：負責本所內部稽核審計工作。
法律部：負責本所法律事務。
公司管理部：負責本所主板上市公司信息披露日常監管工作。
市場監察部：負責深圳證券市場交易活動的日常監管工作。
會員管理部：負責本所會員日常運作監管及會籍、席位管理等工作。
基金管理部：負責上市基金、債券日常服務與監管，以及深市基金、債券市場拓展工作。
信息管理部：負責本所信息資源組織、開發、管理工作。
系統運行部：負責本所交易系統以及監察系統、中心數據庫、業務管理系統、互聯網站和辦公系統等的日常運行工作。
電腦工程部：負責本所交易、監察、中心數據庫、業務管理等系統的研究、規劃、開發和維護工作。
策劃國際部：負責組織協調本所發展戰略策劃、政策研究、產品創新，編輯《證券市場導報》和《深交所》內刊，開展國際交流與合作。
上市推廣部：負責市場宣傳推介以及保薦人督導工作。
綜合研究所：本所下屬機構，成立於1997年4月，主要從事本所、證券監管機構以及證券市場關註的各類課題研究，為本所追蹤國際證券市場發展動態、開發新產品和進行重大決策前期論證提供智力支持。綜合研究所同時負責本所博士後工作站的管理工作。
創業企業培訓中心：本所下屬機構，成立於2001年4月。中心以推動創業企業的基礎管理和持續發展為目標，以“誠信、守法、創新”為主線，組織實施對創業企業、上市企業等的培訓工作。
深交所行政服務有限公司：本所下屬機構，成立於2003年12月，負責本所後勤服務、技術保障、設備采購與管理等工作。
深圳證券通信有限公司：本所下屬機構，成立於1993年8月，是壹家為證券市場提供數據通信服務的專業通信公司。公司擁有由衛星通信網和地面通信網組成的、當時國內規模最大的專用證券通信網——深圳證券通信網，承擔本所與全國各地證券營業部之間全部的證券信息傳輸任務。
深圳證券信息有限公司：本所下屬機構，成立於1994年，負責深圳證券市場交易實時行情、上市公司信息公告的發布、經營和管理。公司致力於推動中國證券信息業的發展，運用高科技信息技術通過多種媒介向社會提供專業化、個性化、智能化的證券信息服務。