截至2014年3月，該校設有111個科研機構、26個實驗室（中心）；建有2個省級行業（區域）科技創新服務平臺、5個省級重點實驗室、1個省工程實驗室、1個省國際科技合作基地、9個市行業技術研究中心（重點實驗室）；擁有1個省哲學社會科學重點研究基地、1個省“2011協同創新中心”（培育） 。
浙江省科技創新服務平臺：浙江省皮革行業科技創新服務平臺、浙江省溫州低壓電器技術創新服務平臺
浙江省哲學社會科學重點研究基地：溫州人經濟研究中心
浙江省重點實驗室：浙江省皮革工程重點實驗室、浙江省低壓電器智能技術重點實驗室、浙江省碳材料技術研究重點實驗室、浙江省軟弱土地基與海塗圍墾工程技術重點實驗室、浙江省水環境與海洋生物資源保護重點實驗室
溫州市重點實驗室（工程技術研究中心、行業技術研究中心）：溫州市皮革行業技術研究中心、溫州市智能電子電器行業技術研究中心、溫州市制筆行業技術研究中心、溫州市新材料行業技術研究中心、溫州市建築節能與防災減災工程技術研究中心、溫州市機械制造系統與自動化工程技術研究中心、溫州市亞熱帶海洋湖泊環境與生物資源利用技術研究重點實驗室、溫州市健康體適能重點實驗室、溫州市物聯網重點實驗室（培育） 依托單位機構名稱級別負責人校直屬浙江省溫州人經濟研究中心省部級陳福生校直屬溫州大學“金融綜合改革協同創新中心”（培育）省部級謝平校直屬溫州市世界溫州人研究中心市級陳艾華、趙敏校直屬溫州市公***政策研究院暨溫州大學公***政策研究中心市級趙敏校直屬溫州市金融研究院暨溫州大學金融研究院市級謝平校直屬溫州大學節能減排研究院校級蔡袁強校直屬溫州大學海洋科學研究院校級趙敏校直屬溫州大學中日文化交流中心校級余向前校直屬溫州大學韓國學研究中心校級黃亨奎校直屬溫州發展研究中心校級蔡袁強數學與信息科學學院溫州大學網絡經濟研究院校級葉修梓數學與信息科學學院溫州大學智能系統與決策研究所校級高利新數學與信息科學學院溫州大學計算科學研究所校級洪振傑數學與信息科學學院溫州大學應用數學研究所校級王瑋明數學與信息科學學院溫州大學數學文化與數學教育研究所校級趙煥光物理與電子信息工程學院溫州大學量子系統與調控研究所校級鄭亦莊物理與電子信息工程學院溫州大學電器研究所校級吳桂初物理與電子信息工程學院溫州大學激光與光電子技術研究所校級張耀舉物理與電子信息工程學院溫州大學軟物質科學與工程研究所校級楊光參物理與電子信息工程學院溫州大學復雜系統研究所校級林振權物理與電子信息工程學院溫州大學微納結構與光電器件研究所校級董長昆物理與電子信息工程學院溫州大學物聯網工程技術應用研究所校級李懷忠物理與電子信息工程學院溫州大學電氣傳動與智能控制研究所校級錢祥忠物理與電子信息工程學院溫州大學智能信息系統研究所校級胡眾義化學與材料工程學院溫州大學微納結構功能材料研究所校級黃少銘化學與材料工程學院溫州大學皮革研究所校級蘭雲軍化學與材料工程學院溫州大學有機化學及農藥創制工程研究所校級吳華悅化學與材料工程學院溫州大學綠色化學與化工研究所校級成江化學與材料工程學院溫州大學應用化學研究所校級張東化學與材料工程學院溫州大學超分子材料及應用研究所校級李新華化學與材料工程學院溫州大學精細化工新材料與技術研究所校級趙亞娟化學與材料工程學院溫州大學海洋化學工程與技術研究所校級唐天地生命與環境科學學院溫州大學海洋與湖泊生態環境研究所校級趙敏生命與環境科學學院溫州大學海洋生物資源開發研究所校級閻秀峰生命與環境科學學院溫州大學生物多樣性與保護研究所校級張永普生命與環境科學學院溫州大學環境工程研究所校級宋國利生命與環境科學學院溫州大學生物加工工程研究所校級楊海龍生命與環境科學學院溫州大學應用生態研究所校級柳勁松機電工程學院溫州大學制造系統與自動化工程研究中心校級薛偉機電工程學院溫州大學機械電子工程研究所校級馬光機電工程學院溫州大學汽車工程研究所校級姚喜貴機電工程學院溫州大學微納制造與特種加工技術研究所校級張大偉建築工程學院溫州大學防災減災工程研究所校級蔡袁強建築工程學院溫州大學建築節能減排與綠色工程材料研究所校級孫林柱建築工程學院溫州大學房地產研究所校級石海均建築工程學院溫州大學結構工程研究所校級陳聯盟建築工程學院溫州大學建築設計與城鄉規劃研究所校級王雪然體育學院溫州大學體育教育訓練研究所校級張秀華體育學院溫州大學體育文化研究所校級袁建國體育學院溫州大學體育社會科學研究所校級張文健創業人才培養學院溫州大學創業發展研究所校級黃兆信法政學院溫州大學溫州歷史文化研究所校級蔡克驕法政學院溫州大學公***政策與地方治理研究所校級吳玉宗法政學院溫州大學區域發展與環境法治研究所校級鈄曉東法政學院溫州大學民商經濟法研究所校級邱本法政學院溫州大學社會法學研究所校級李炳安法政學院溫州大學思想政治教育研究所校級李業傑國際合作學院溫州大學華文教育研究所校級嚴曉鵬繼續教育學院溫州大學繼續教育研究所校級楊彬教師教育學院溫州大學教育信息化研究所校級胡來林教師教育學院溫州大學學前教育研究所校級鄭信軍教師教育學院溫州大學課程與教學論研究所校級彭小明教師教育學院溫州大學心理與行為研究所校級潘玉進美術與設計學院溫州大學創意設計研究所校級李運河美術與設計學院溫州大學服飾造型研究所校級魏靜美術與設計學院溫州大學美術教育研究所校級鄧國祥人文學院溫州大學口述歷史研究所校級楊祥銀人文學院溫州大學文化產業研究所校級蔡貽象人文學院溫州大學孫詒讓研究所校級王興文人文學院溫州大學歷史語言學研究所校級金理新人文學院溫州大學歐美歷史文化研究所校級鄭春生人文學院溫州大學中國古代文學與文化研究所校級饒道慶人文學院溫州大學中國現當代文學與文化研究所校級孫良好人文學院溫州大學文藝學研究中心校級馬大康人文學院溫州大學社會學民俗學研究所校級邱國珍人文學院溫州大學印刷文化研究所校級蘇勇強人文學院溫州大學中國及周邊俗文學研究中心校級王小盾人文學院溫州大學南戲研究所校級俞為民人文學院溫州大學東亞俗文學研究中心校級王小盾商學院溫州大學國民經濟研究所校級胡振華商學院溫州大學行業協會商會研究所校級江華商學院溫州大學企業文化研究所校級李建華商學院溫州大學產業經濟研究所校級李元華商學院溫州大學國際貿易經濟合作研究所校級林俐商學院溫州大學市場營銷研究所校級肖文旺商學院溫州大學家族企業和企業家研究所校級張壹力商學院溫州大學財務與會計研究所校級潘彬馬克思主義學院溫州大學哲學與文化研究所校級陳安金馬克思主義學院溫州大學社會發展研究所校級戴海東馬克思主義學院溫州大學馬克思主義研究所校級任映紅圖書館溫州大學國學研究所校級張靖龍外國語學院溫州大學美國文化研究所校級黃衛峰外國語學院溫州大學比較文學研究所校級李新德外國語學院溫州大學語言與認知科學研究所校級毛繼光外國語學院溫州大學外語教學論研究所校級夏侯富生外國語學院溫州大學翻譯研究所校級葉苗外國語學院溫州大學商務英語研究所校級朱曉申音樂學院溫州大學傳統音樂文化研究所校級陳克秀音樂學院溫州大學音樂藝術教育研究所校級陳其射音樂學院溫州大學鋼琴藝術研究所校級李傑鵬音樂學院溫州大學聲樂藝術研究所校級李曉燕音樂學院溫州大學曲藝研究所校級喬誌亮音樂學院溫州大學音樂表演藝術研究所校級吳曉勇甌江學院溫州大學人才資源開發研究所校級賴學軍甌江學院溫州大學信息安全研究所校級胡智文溫州大學城市學院溫州大學溫州方言與東甌文化研究所校級盛愛萍溫州大學城市學院溫州大學圖像與信息技術研究所校級孫躍溫州大學城市學院溫州大學民營經濟研究中心校級謝健溫州大學城市學院溫州大學計算機網絡技術研究所校級施曉秋溫州大學城市學院溫州大學市場調查研究中心校級郭顯光溫州大學城市學院溫州大學韓國學研究中心校級周湘浙溫州大學城市學院溫州大學民辦高等教育研究所校級王忠 溫州大學城市學院溫州大學城市發展研究中心校級周錦成機電工程學院溫州大學-浙江宏秀電氣技術研發中心校級葉忻泉建築與土木工程學院溫州市市政園林研究所校級潘林有人文學院中國經濟時報-溫州大學傳媒與經濟研究中心校級張信國、江華 館藏資源 截止2012年12月，圖書館紙質圖書總量為2413116冊，現刊1798種。除傳統館藏外，電子資源的質量和數量有了長足的發展，已擁有中國期刊網、萬方數據資源系統、ACS、Elsevier等綜合性、各種形式的電子期刊和資料數據庫53個，電子圖書數據庫11個，自建資源數據庫及視頻資源庫6個。
開通使用ZADL特色庫——“民俗學文獻與溫州地域特色文化數據庫”；完成孫詒讓研究特藏資料室以及海洋文化特藏資料室的組建並正式對外開放；配合省社科重點研究基地“溫州人經濟研究中心”與“省教師教育基地”建設，分別建立了溫州地方文獻資料庫、中小學教材及教學參考書資料庫。
其中海洋研究資料特藏中心是壹個以海洋為專題而建設起來的特藏中心，該中心致力於將分散的海洋文化信息集中進行收集與入藏，旨在為教學、科研、生產等提供海洋文化信息服務。該中心現已收藏紙質海洋文化書籍8000余冊，海洋期刊52種，海洋報紙5種，電子書6000余冊，海洋文化信息書目36000余條，其入藏範圍涵蓋海洋科學、海洋人文等範疇 。 學術刊物 《溫州大學學報·社會科學版》是溫州大學主辦的人文、社會科學類綜合性學術期刊。創刊於1988年，雙月刊，單月25日出版，國內外公開發行。主要欄目有：民俗學與非物質文化遺產研究、文藝學與美學前沿問題研究、法學前沿問題研究、溫州歷史文化研究、文學研究、語言學研究、歷史學研究、政治學研究、社會學研究、人類學研究、經濟學與管理學研究、法學研究、新聞學與傳播學研究、文化學研究、藝術學研究等。是“中國期刊全文數據庫”、“中文科技期刊數據庫”、“萬方數據數字化期刊群”和“中文電子期刊服務”的全文收錄期刊，被評為“全國地方高校優秀學報” 。
《溫州大學學報·自然科學版》創刊於1963年，是溫州大學主辦的自然科學和工程技術類綜合性學術期刊。主要刊登理、工、農、林、等學科的學術論文和研究成果。是“中國期刊全文數據庫”、“中文科技期刊數據庫”、“萬方數據數字化期刊群”和“中文電子期刊服務”的全文收錄期刊 。