現階段我國財務報告內控審計存在的主要問題
1、缺乏公認的財務內容控制標準
自從我國內部控制推出以來，其內容與定義幾經演變，到目前為止還沒有形成廣泛認可的財務內容控制標準。雖然我國相繼出臺了多部相關法律法規，但從整體上看，還沒有達到相關標準。現階段大部分規定的內容，只是基於原則性的考證，缺乏操作性。規範的實效與缺失，會對規範的有效性產生重大影響。為了進壹步促進我國內部控制審計的發展與完善，建立健全完善的可操性內部控制體系標準迫在眉睫。建議相關部門盡快建立完善的、與我國國情相吻合的、可操作性強的內部控制體系，並以此為標準，加快行業試點開展，並積極推動我國內部控制制度建設與發展。
2、 財務報告內部控制審計成本分析
截止到目前為止，大部分國家都積極出臺了相關法律法規，要求上市企業在年度報告中對財務報告進行詳細披露。尤其是近幾年，越來越多的企業呼籲內部控制報告的開展。自從2006年以來，我國證監會規定，企業進行證券公開發行的重要條件就是註冊會計師必須出具無保留的內控報告。這壹規定不可爭議的提高企業審計成本。
3、 關於內部控制審計的現實性問題
關於企業財務報告的內部控制審計實施，社會上出現了不同的聲音。部分支持者們認為，通過內部控制審計、加強信息披露，能夠有效降低財務舞弊現象的發生。通過公開報告，讓管理者們進壹步關於內部控制的重要性。部分學者對於這壹問題持反對性態度，這樣對會提高企業審計成本，而社會公眾對於其披露的信息，會被誤導。對於這壹問題的界定，我們沒有直接經驗可以遵循，仍需要摸石頭過河。
4、 是否能減輕或替代審計責任
美國PCAOB NO2勢必會提高審計人員的報告責任，與此同時，會加強內部控制運行及設計有效性體系的建立。通過提高審計人員的責任心，對於內部控制缺陷的發現與防範有重要意義。但企業當局對構建內部控制體系重要性仍需加強，其對徇私舞弊現象的發生起到非常重要的作用。就比如，管理當局需要負責財務報表壹樣，管理當局也需要負責內部控制體系的建立。明確規定以及合理劃分建立內部控制體系的不同方面、不同責任，從而形成較為完善的內部控制管理體系。
現階段我國財務報告內控審計加強對策
1、全面掌握被審計單位的環境
全面掌握行業註意事項以及企業的經營特征、組織結構與資本結構，包括全面的企業財務信息、法律法規、經濟條件以及技術革新情況以及企業內部控制發生的變化等等。註冊會計師必須將重點放在對高層管理者的內部控制上去。比如說，企業管理層面的風格、職責與角色確定，公司道德規範，審計委員會是否強有力等等。
2、 制定合理的審計計劃
結合企業控制環境以及對財務報告的影響，合理制定企業審計計劃(確定負責人、團隊成員、責任、角色、資源等等)，需註意在整個計劃過程中必須貫穿風險考評。在傳統的控制測試方面，流於形式起不到實際效果，最大因素就是審計人員無法有效判斷企業內控能力。審計師在短短幾天內需要搞清企業內控在運轉與設計上的漏洞非常困難。所以說，在制定計劃時，需要分配適合的項目人員，對助理人員做好針對性督導與培訓，結合需要制定專家利用計劃。
3、 識別並評估企業層面的內部控制
對被審計企業內部控制層面進行識別並評估，理順企業各級部門、人員權責、管理風險、反腐流程、自我評估等方面。識別不同流程的負責人並與其溝通，對審計委員會在公司的實際地位、工作方式、人員構成等全面評估。
4、 評估內部控制缺陷
及時發現財務控制內部審計各個方面存在的不足與缺陷，註冊會計師需要嚴格按照流程，正確評估風險級別。若無法有效發現或預防控制缺陷，這表明企業內部控制存在很大缺陷。對於缺陷的控制，有重要意義。主要取決於兩個方面：第壹，企業內部控制存在列報錯報或無法有效發現、防止賬戶余額的可能性。第二，因為眾多缺陷所引發錯報時，註冊會計師必須全面考慮受到影響的財務交易金額與報表金額，預防本期或未來可能出現的缺陷影響。
5、 形成審計報告
註冊會計師需要對鑒證結論的各項依據進行考評，從而對形成有效的意見支持。若審計單位財務內控審計存在壹定缺陷，則必須對企業的財務報告內控持反對或保留意見。
上述各個環節、各個流程，均會對內部審計的順利進行產生影響。內部審計的作用與重要性不置可否，並隨著經濟與社會的不斷發展，其作用與地位將會進壹步提高。