雖然代理記賬越來越受到企業的追捧和青睞，但該行業仍存在壹些問題和制約因素，影響了代理記賬的進壹步發展。具體來說，主要表現在以下幾個方面:
1.《會計法》對代理記賬宣傳不夠。
導致很多小型經濟組織，尤其是廣大個體工商戶對“代理記賬”知之甚少，甚至認識和理解不足。
2、推行“代理記賬”措施不是很有效。
目前，小型經濟組織和個體工商戶應委托代理記賬主要存在兩個問題:壹是應記賬而不記賬的現象非常普遍，二是很多“受托記賬人”不具備合法資格。
這不僅幹擾了法律的嚴肅性，還容易引發很多其他問題。所以國家和社會層面也要加大宣傳力度，讓這類經濟組織知道代理記賬的必要性。
3.代理記賬的法律地位。
在代理記賬法律關系中，應該說受托人的法律地位還沒有完全解決，所以在具體實踐中存在很大的爭議。
4.代理記賬機構的潛力沒有得到充分發揮。
現在的代理記賬機構雖然數量越來越多，但總體規模普遍較小，代理業務範圍也不廣。因此，真正能為委托單位提供專業會計、稅務籌劃、納稅申報、內部審計、工商年檢、財務咨詢等全方位會計服務的機構少之又少。
5.代理記賬機構設置不規範。
根據國家相關政策要求，代理記賬機構必須有三名以上具有會計從業資格證書的專職從業人員，代理記賬業務負責人必須具有會計師以上專業技術職稱。然而，在實踐中，相當多的代理記賬機構並不符合這壹要求。
6.代理記賬機構內部管理混亂。
也就是說，在現實生活中的很多代理記賬機構中，業務操作不規範、內部管理制度不完善的現象非常普遍，嚴重影響了代理記賬公司的服務質量和業務水平。
7.代理記賬機構的執業質量不容樂觀。
目前，代理記賬公司的會計核算還存在很多不規範的地方。有些會計核算不是以權責發生制為基礎，代理公司不按《公司法》規定計提法定公積金和法定公益金的情況也很普遍。而且很多代理記賬機構沒有按照制度要求提供會計報表附註的內容。
8.代理記賬業務收費標準混亂。
在收費標準上，各家代理記賬機構差距很大。有的代理記賬機構甚至通過低價惡意競爭，有的代理記賬機構業務收入核算不規範，隱性收入現象也很普遍。
以上是代理記賬行業存在的問題以及影響代理記賬行業發展的相關因素。可以說，只有國家、社會和代理記賬機構妥善處理和解決上述問題，代理記賬才能實現進壹步深入發展。而這需要社會各界的積極參與和努力！