首先培養目標是不同的，學碩主要是培養科研型人才，所以如果妳想繼續讀博，甚至是直博，又或者妳想考科研研究或是在大學裏任教的話，那妳可以優先選擇學碩碩士；專碩主要是培養應用型、實踐型人才，如果妳是以就業為目的的，妳可以優先選擇專碩。
第二，培養方式不同。學碩更偏重基礎理 論的學習，重點培養學生從事科學研究創新工作的能力和素質；而專碩則以實際應用為導向，以職業需求為目標的。
第三，報考條件不同。學碩的話，在校生壹般都可以報考的，但是專碩中有部分專業是必須需要工作經驗的，比如：管理類專碩裏面的MBA、MEM等、教育管理專碩等。
第四，入學難度不同。舉例說明，拿工科來說，學碩壹般考英語壹、數學壹；而專碩壹般考英語二、數學二，所以相對來說專碩比學碩要低些。不過這裏提醒下，醫學類的專碩壹般比學碩難，管理類的專碩，尤其是會計專碩難度並不低於學碩。
第五，學費不同。學碩壹般都是按照國家要求來收費，壹般為每年8000元；而專碩則是學校自主收費，視學校和專業不同而不同，便宜的可以到6000每年，貴的可以達到幾十萬，比如北大光華管理的EMBA，2年66萬。
第六，學制不同，學碩壹般為3年，而專碩大部分為兩年（當年也有2、5年、3年制的），這裏需要說明壹下，法律碩士、醫學類專碩壹般均為3年。
第七，導師不同。學碩壹般為壹名導師帶妳全程，而專碩則壹般為兩個導師（壹個校內導師，壹個校外導師）或者是壹個導師組去輔導妳。第八，讀博方式不同，學碩壹般可以直博，而專碩考博相對麻煩些，而且不能直博。
說了這麽多，簡單總結下，如果妳想讓報考難度相對降低些，除了醫學類專業，其他的壹般考專碩要簡單些；如果妳想早點畢業的話，也壹般可以優先選擇專碩；如果妳想繼續深造或者是從事科研研究的話，那還是優先選擇學碩。