註冊會計師審計是商品經濟發展到壹定階段的必然產物，也是商品經濟條件下社會經濟監督機制的主要形式。由於所有權和經營權的分離以及債權人對自身權益的關註，不可避免地要密切關註申請或債務回收的前景。這種擔心取決於註冊會計師的審計結果。因此，與審計對象相比，審計和註冊會計師審計都是外部審計，具有很強的獨立性。從我國的角度來看，它們之間有許多不同之處:
1.兩者的審計目標不同。審計是依法對被審計單位的財務收支或者財務收支的真實性、合法性和效益性進行的審計；註冊會計師審計是對財務報表是否按照適用的會計準則和有關會計制度編制的審計。
2.審計標準不同。審計是審計機關依照《中華人民共和國審計法》和國家審計準則進行的審計。註冊會計師審計是註冊會計師根據《中華人民共和國註冊會計師法》和中國註冊會計師審計準則進行的審計。
3.他們有不同的資金或收入來源。審計履行職責所必需的經費，應當列入財政預算，由本級人民政府予以保障。註冊會計師的審計收入來源於審計委托人，由註冊會計師與審計委托人協商確定。
4.兩者獲取證據的途徑不同。審計機關有權就審計事項的有關問題向有關單位和個人進行調查，並索取相關證明材料。有關單位和個人應當支持、協助審計機關，如實向審計機關反映情況，提供相關證明材料；註冊會計師在取證時很大程度上依賴被審計單位和相關單位的配合和協助，對被審計單位和相關單位沒有行政強制。
5.兩者對發現的問題有不同的處理方式。審計機關審定審計報告，評價審計事項，出具審計意見；對違法的國家財政收支、財務收支行為，依法需要作出處理、處罰的，應當在法定權限內作出審計決定或者向有關主管機關提出處理、處罰意見。註冊會計師在審計過程中只能要求被審計單位對需要調整和披露的事項進行調整和披露，不存在行政強制。被審計單位拒絕調整和披露的，註冊會計師將視情況出具保留意見或否定意見的審計報告。如果審計範圍受到被審計單位或客觀環境的限制，註冊會計師應酌情出具保留意見或無法表示意見的審計報告。