會計核算的基礎不同。預算會計中，財政總預算會計和行政單位會計以收付實現制為會計核算基礎，事業單位會計根據單位實際情況，分別采用收付實現制和權責發生制。企業會計均以權責發生制為會計核算基礎。
會計要素構成不同。預算會計要素分為五大類：即資產、負債、凈資產、收人和支出。企業會計要素分為六大類：即資產、負債、所有者權益、收人、費用和利潤。即使相同名稱的會計要素，其內容在預算會計與企業會計上也存在較大差異。
職能
會計的反映職能
（1）會計主要是從數量方面反映各單位的經濟活動情況，通過壹定的核算方法，為經濟管理提供數據資料。
（2）反映職能應包括事前、事中，事後的反映，即貫穿於經濟活動的全過程。
（3）會計對實際發生的經濟活動進行核算，要以合法真實的自我憑證為依據，要有完整的和連續的記錄，並按經濟管理的要求，提供系統的數據資料，以便於全面掌握經濟活動情況，考核經濟效果。