1，預算不壹樣。總公司預算是連鎖店預算，涉及單壹品牌。旗艦店涉及多個品牌時，需要分別做不同的預算。旗艦店可以經營多個擁有自己知名品牌的產品，每個知名品牌屬於同壹個特定控制人，但不同的品牌有不同的價值和預算。
2.會計是不同的。總公司是指總公司直接經營的連鎖店，也就是直營店的總部。總公司直接經營、投資、管理所有零售網點，總公司財務負責下屬直營店的財務。旗艦店財務有自己獨立的會計部門進行核算。