事業單位通常采用收付實現制，部分經濟業務或事項采用責權發生制核算，具體由財政部在會計制度中進行具體規定，而企業會計則按《企業會計制度》的規定采用責權發生制進行核算。核算基礎的不同使事業單位與企業反映收支的內容也存在差別，以收入為例，事業單位反映收入是壹個會計年度中實際收到的各種收入，主要包括財政補助收入、事業收入、經營收入、上級補助收入、附屬單位上繳收入與其他收入等；而企業反映收入的內容則是《企業會計準則》中收入實現條件所確認的能夠導致所有者權益增加的內容，如銷售商品收入、利息收入、勞動收入等。
1.2會計平衡公式不同
事業單位年度中間平衡公式為：資產+支出=負債+凈資產+收入；年末平衡為：資產=負債+凈資產。以上公式反映的是事業單位在業務運營過程中收支結余資產的增值情況，為了更嚴格地監督事業單位各項支出的耗費情況，以上公式為動態等式，且事業單位資產負債表的制定也以此為依據。企業會計則不論年度中間和年末，均采用以下會計平衡公式：資產=負債+所有者權益。與事業單位不同的是，以上公式為靜態平衡，此公式反映出企業與其所有者各自獨立的原則，該公式也是企業編制資產負債表的重要理論依據。
1.3財務成果計算方法不同
事業單位和企業的財務成果計算公式與計算方法不同。事業單位凈收入的計算公式為：事業收入-事業支出=事業結余；經營收入-經營支出=經營結余。事業單位經營成果的計算方法為：每年年末進行轉結，經營結余與事業結余轉入“非財政補助節余分配”，按照年度計算財務成果；企業凈利潤的計算公式為：主營業務收入-主營業務成本-主營業務稅金+其他業務收入-其他業務支出+營業外支出-營業費用-管理費用-財務費用-所得稅=凈利潤。企業經營成果的計算，按每月進行轉結，每期分別累加後反映企業的經營成果，按照年度進行從財務成果的計算。
2事業單位會計制度與企業會計準則的聯系
新《事業單位會計制度》出臺後，事業單位會計制度與企業會計準則之間的聯系更為密切，主要體現在以下幾點。
2.1會計核算賬戶趨於壹致
新《事業單位會計制度》將事業單位資產類賬戶中的“現金”轉變為“庫存現金”，將事業單位“對外投資”轉變為“長期投資”，同時還開設了“存貨”賬戶，事業單位對材料與成品的財務管理力度將進壹步加大；此外，為了強化對國有資產的管理以及核算，新《事業單位會計制度》新增了“在建工程”與“累計折舊”等會計科目，這種做法壹方面使會計核算可以更客觀地反映事業單位資產價值的實際消耗情況，另壹方面也不影響事業單位支出預算。以上兩項變化，均使得事業單位會計制度與企業會計準則的會計核算賬戶趨於壹致。
2.2會計核算目標趨於統壹
企業會計核算的目標在於明確委托人和被委托人之間的責任、義務和權利，以往的事業單位會計制度對這壹原則的體現並不明確，而新《事業單位會計制度》第壹次較為明確地體現了這壹點，使事業單位會計制度的目標――明確委托人和被委托人之間的責任得到更好的體現，事業單位會計核算與企業會計核算的目標具有了壹致性。
2.3賬務報告示例內容趨於壹致
新《事業單位會計制度》出臺後，事業單位會計報表與企業會計報表的格式壹致，事業單位會計報表的適用性和科學性進壹步提高，同時也為事業單位財務管理與其內部業績評價工作提供了更為詳細和可靠的數據與資料。
2.4核算制度趨同
新《事業單位會計制度》出臺後，我國事業單位會計制度與企業會計準則在核算制度上進壹步趨同，事業單位會計與企業會計在許多業務的處理以及財務管理的組織與實施方法上的相似性進壹步增強。例如，新《事業單位會計制度》引入了責權發生制，雖然目前事業單位會計核算基礎與企業會計核算基礎不完全相同，但引入責權發生原則，使事業單位會計核算結果更有效地反映事業單位當期收入與支出的真實情況，此外，對收付實現制和責權發生制適用情況的說明，也使得事業單位會計核算壹方面能夠客觀反映其資產與負債情況，另壹方面也遵循了費用配比的原則。隨著我國財政體制的不斷創新和發展，事業單位與企業在財務核算業務上的界限越來越模糊。