信用證存款的核算主要分為兩部分。首先，企業需要向銀行繳納壹定比例的保證金，以保證企業的信用和交易的安全性要求。此時，企業應按照銀行的要求將保證金存入信用證的保證金賬戶，並在資產負債表中作為負債科目核算。
其次，在進出口交易中，涉及到信用證的開立、修改和撤銷操作時，銀行往往會將壹定比例的信用證保證金轉入信用證費用賬戶。而企業則需要將信用證費用作為費用入賬，在資產負債表中作為費用入賬。
總之，信用證存款是企業在進出口交易中不可或缺的負債科目，在會計核算中要註意細節，做到會計管理的科學化、規範化。