首先，使用的會計科目不同
事業單位和企業在處理同壹筆業務時，以相同的形式、相同的借貸方向進行相同的會計分錄，但由於不同制度規定的會計科目名稱不同，有關內容記錄在不同的賬戶中。比如在貸款的核算上，企業在借款時，按照期限分別記為“短期借款”或“長期借款”，而事業單位無論長期借款還是短期借款，都記為“借入款項”。
二是因單位性質不同，會計處理有差異。
1.產品是否生產造成的差異。這種區別要分兩種情況。第壹，從事產品生產的事業單位和不從事產品生產的事業單位在會計處理上是有區別的，應該區別對待。二是同樣從事產品生產，事業單位和企業在會計處理上還是有區別的。以物資采購業務為例。企業的做法分為壹般納稅人和小規模納稅人兩種。前者采用采購時不含稅的進價來區分進項稅；後者采用含稅進價。會計分錄如下:
(1)壹般納稅人企業:
借:材料采購應交稅費-應交增值稅(進項稅)
貸款:銀行存款
(2)小規模納稅人企業:
借款:物資采購貸款:銀行存款機構在此項業務中的會計處理，既要區分壹般納稅人和小規模納稅人，又要區分自用或非自用。除壹般納稅人和事業單位采購的非自用物資外，其他情況均采用免稅進價核算，即壹般納稅人采購自用物資、小規模納稅人采購自用物資和非自用物資。會計分錄如下:
(1)壹般納稅人、事業單位采購非自用物資:
借:材料
應交稅費-應交增值稅(進項稅)
貸款:銀行存款
(2)其余的；
借:材料
貸款:銀行存款
2.是否實行內部成本核算導致的差異。眾所周知，每個企業都要計算產品成本，並與當期收益進行比較，最終確定營業利潤。事業單位分為以下幾種情況:實行成本核算的事業單位發生領用材料等費用時，記入“成本費用”科目，不實行成本核算的事業單位發生類似費用時，記入“業務費用”科目。同時，以此為起點，會發生壹系列的結轉，結轉過程如下圖:
企業:
材料→生產成本→產成品→產品銷售成本→當年利潤→利潤分配――未分配利潤；
1.(成本核算)材料→成本費用→產成品→【營業支出→營業余額，營業支出→營業余額】→余額分配――未分配余額。
2.“材料”-“業務支出”-“業務余額”→“余額分配-未分配余額”(無成本核算)
3事業單位業務活動可分離性導致的差異。因為事業單位的活動，根據是否屬於專業業務活動或輔助活動，可以分為業務活動和業務活動。相應地，事業單位業務活動的收支也包括業務收入、業務支出、營業收入和營業支出。這部分的核算是事業單位會計制度和企業會計制度的壹大區別。以支出的核算為例，如果支付行政部門的辦公用品費用，企業的做法如下:
借:管理費
貸款:銀行存款
和機構作為專業的商業活動:
借:業務支出
貸款:銀行存款
又如結轉已售產品的成本，企業的做法是:
借方:產品銷售成本
貸項:成品
和事業單位作為專業業務活動以外的費用處理:
借方:營業費用
貸項:成品
三、與企業相比，事業單位在相同的業務處理中，增加了核算步驟，這種差異壹般出現在相關資金的核算中。以購買短期證券為例:
企業的做法:
借:短期投資
貸款:銀行存款
公共機構的做法:
借:外國投資
貸款:銀行存款
與此同時，
借:公共基金-普通基金
貸款:公共基金-投資基金
至於證券購買業務，企業只需要增加短期投資，減少銀行存款就可以說清楚，而事業單位內部結構因對外投資而發生變化，必須通過兩步分錄來體現。再比如:購買固定資產。
企業的做法:
借:固定資產
貸款:銀行存款
公共機構的做法:
借:業務支出等科目。
貸款:銀行存款
與此同時，
借:固定資產貸:固定基金
與企業單位相比，同樣的業務，事業單位不僅要反映支出的增加，還要反映固定資產和固定資金的同步增加。因此，其會計處理相對復雜。
壹般來說，事業單位按照收付實現制核算比較簡單。企業會計如果熟悉事業單位會計制度，可以做事業單位會計。如果他們有時間工作，他們可以兼職。所指行政單位的會計分錄:http://www.rxyj.org/html/2010/0218/26970.php.