1.辦公室
負責機關的行政工作；負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承辦信息、信訪、議案、建議、提案、保密、政府信息公開、宣傳、接待和聯絡等工作。；負責起草相關重要文稿；承辦機關重要事項的組織和監督。
2.通用
編制全市中長期財政計劃；擬訂政府非稅收入管理制度和政策；負責審批行政事業性收費項目，參與標準制定，管理收費項目和標準；制定彩票管理的相關辦法，負責本市彩票資金管理和彩票市場監管；研究金融政策，組織研究工作；管理財務賬單。
3.法律事務辦公室
負責推進依法行政的全面工作；起草財政、金融、會計管理、稅收等方面的地方性法規草案和政府規章草案；負責行政執法的監督、指導和協調；承辦行政復議和應訴的相關工作；承擔本機關行政規範性文件的合法性審查和相關備案工作。
4.稅務管理部門
制定本市稅收的具體辦法；研究提出稅收增減、稅目稅率調整、減免稅等稅收政策調整方案和建議；監督稅收政策的執行；負責稅收數據的普查和統計，分析稅源變化，提出運用稅收杠桿調節經濟運行和國民收入分配的政策建議，依法辦理退稅具體工作；處理稅務和行政糾紛。
5.海關
負責提出關稅和進口環節稅收政策建議；審核、協調、匯總本市有關行政管理部門、行業協會、生產貿易企業提出的調整關稅和進口環節稅收政策的建議；負責關稅和進口稅相關政策的宣傳和咨詢；參與制定關稅政策的相關研究工作，為制定關稅談判方案提供依據和建議。
6.預算局
編制全市年度財政預算並組織執行，匯總年度地方預算；負責財政收支的綜合平衡；負責與市人大常委會財政經濟委員會的聯絡工作；研究提出財政管理體制、管理體制和財政轉移支付制度的建議，承擔市對區縣的轉移支付；匯總審核市級部門支出標準和定額，建立財政專項資金項目庫；管理預算部門指標。
7.績效評估辦公室
制定本市財政支出績效評價的相關政策、制度、方法、指標體系和評價標準，組織財政支出績效評價，根據評價結果提出批準和調整部門預算的意見；監督管理本市行政事業單位國有資產，組織制定行政事業單位國有資產監督管理的相關政策、制度和措施，負責行政事業單位產權界定、清查登記、出讓和轉讓，研究提出相關改革方案和措施。
8.財政部
組織制定全市國庫管理制度和國庫集中支付制度；負責財政資金的分配和調度；負責總預算的核算；辦理財政資金結算；匯總編制全市地方財政決算和部門決算；統壹管理行政事業單位和金融銀行開設的賬戶。
9.行政和法律司
負責制定本市行政經費的財務管理辦法；管理行政、公安、監獄、勞動教養等部門的經費和相關專項經費；審核相關部門的年度預算和決算，監督預算的執行；辦理國家規定的有關著裝事宜；承擔清理規範公務員津貼補貼的具體工作；制定政府公物管理的規章制度並監督實施。
10.科學、教育和文化部
負責制定全市事業單位財務管理辦法；管理教育、科學、文化等部門的經費；審核相關部門的年度預算和決算，監督預算的執行；承擔市屬國有文化企業資產和財務管理相關工作。
11。經濟建設司
參與研究制定全市財政投融資政策；制定金融投資管理制度；負責財政投資項目的財務管理；管理發展改革、國土、住房和城鄉建設部門資金；審查和批準市政府投資建設項目的財務決算；負責與北京市發改委等部門在投資領域的政策協調；管理市政府住房基金，參與制定住房制度改革政策；國有土地收益管理。
12.農業部
研究制定全市財政支農的財務管理制度；擬訂農業企事業單位的財務管理制度和辦法；審核相關部門的年度預算和決算；管理農業、園林綠化、水務等部門的資金；管理支農專項資金，監督資金使用；監督和指導農業企業的財務工作。
13.社會保障部
參與本市社會保障制度改革政策的研究；負責審核社會保障預決算；管理人力資源和社會保障、民政、衛生等部門的經費；管理財政預算中涉及社會救濟、就業和醫療保險(含免費醫療)的資金，制定相關財務管理制度；會同有關方面制定職工失業保險、職工退休養老金等社會保障基金的財務管理辦法；組織實施對社會保障基金使用的財務監督。
14.企業事業部
負責制定本市企業財務管理辦法，監督國有企業財務；研究國家與企業分配關系的改革，參與有關政策的制定；管理中小企業科技創新基金；按照規定承擔相關資產評估和管理工作。
15.財會部
負責制定本市金融企業財務管理辦法；監管市屬金融機構(包括非銀行金融機構)的金融；承擔財政政策和金融政策協調的研究工作；研究政府債務情況，擬定政府防範債務風險的措施。
16.外事辦公室
負責制定本市外事財務制度和辦法；制定並執行財政預算內行政機關、事業單位和社會團體非貿易外匯管理制度和支出標準；管理地方外事經費；負責世界銀行和亞洲開發銀行的貸款管理，以及相關的出國培訓和考察；負責管理外國政府和國際金融組織對我市的貸款業務。
17.計算所
貫徹和組織實施國家會計制度；管理全市會計工作，制定有關規章制度；負責會計人員的管理和專業技術職務的考核與評定；承擔對註冊會計師和會計師事務所的業務指導和監督工作；指導和管理社會審計。
18.金融監管辦公室
研究制定全市財政監督檢查工作計劃和實施方案；針對財政資金運行的重要情況及其對財政收支的影響，提出相關建議或措施；組織協調重大和專項財務監督檢查；對違反國家有關法律和財經紀律的行為實施行政處罰；監督機關在預算編制和執行過程中執行財政法律、法規、政策和制度的情況；監督下屬單位的財務收支管理；組織實施對會計師事務所出具審計報告的程序和內容的監督；指導、監督、檢查被監督檢查的直屬分局的業務工作。
19.農業綜合開發司
研究制定本市農業綜合開發財務管理制度；參與研究制定農業綜合開發的政策和發展規劃，確定農業綜合開發項目；辦理農業綜合開發財政資金的撥付；監督檢查農業綜合開發項目資金使用情況。
20.政府采購管理辦公室
控制社會團體購買力辦公室。
負責起草市政府采購方面的地方性法規草案和政府規章；對政府采購年度預算提出建議；指導市政府采購工作；制定規範政府采購代理機構行為的措施；監督政府采購機構依法實施政府采購；承擔加入《政府采購協定》的談判和應訴工作；負責全市黨政機關和金融機構小汽車配置等工作。
21，財務管理辦公室
負責機關及所屬單位的財務和資產管理。
22.人事教育司
負責機關及下屬單位的人事、組織和隊伍建設；擬定全市金融系統教育培訓計劃並組織實施。
機關黨委負責機關及所屬單位的黨群工作。
工會負責機關及下屬單位的工會工作。
離退休幹部辦公室負責機關及下屬單位離退休人員的管理和服務工作。
紀檢監察機構按照有關規定派駐。