壹、對合同金額的審核
主要關註合同金額是否匹配相應的資源項目，並控制在相應的項目額度內，超出部分是否執行了相應的審批程序;
合同正文中的金額信息計算是否準確，是否與合同附件資料壹致，大小寫金額是否相同;對於框架合同要留意框架合同金額是否合理，是否設置金額上限等。
二、對結算條款的審核
主要關註合同結算條款是否符合企業信用管理規定，特別是對於預付款項、付款進度、驗收款的管理要求，比如有企業規定對於設備類、物資類采購原則上不進行預付款，並按執行進度分批次支付貨款，具體支付比例依據合作商信用等級確定。確有特殊情況需要支付預付款項的，應經過管理層特殊審批後方可進行。
合同結算方式(如銀行轉賬、銀行票據、現金交易等)是否符合企業相關規定。如企業明確規定應采用銀行轉賬等電子結算方式的，不得規定通過現金方式進行結算。
除總分公司、委托第三方收款等情形外，合同正文中涉及的收款方的賬戶名稱應與合同簽訂方的名稱壹致。
三、對涉稅事項的審核
主要關註合同中約定的稅負承擔、發票開具等條款是否符合國家稅收法律法規的要求。合同中明確約定發票類型的，發票類型需與合同業務內容、業務性質保持壹致，審核時應結合以合作對方機構所在地、勞務發生地、業務內容為標準進行判定;對於涉及增值稅業務的票據，應標明開具增值稅專票或者普通發票，以及包含的稅率;
合同中未明確約定發票類型的，應通過“乙方須提供符合稅法規定、以甲方財務要求的正規稅務發票”等模糊方式進行。
最後，要特別註意行政事業收據的使用範圍。企業與行政事業單位合作的業務事項，合作內容是行政事業單位職責範圍內的業務，則對方可以提供行政事業單位專用收據報賬;
合作內容為超出政府行政事業單位職責範圍的廣告、宣傳、培訓等經營性業務，則對方應提供符合稅法要求的正規稅控發票。
四、對特殊事項的審核
對租賃類合同，需判斷租賃形式是否符合企業資產管理規範，比如某些企業規定未經批準不得進行任何形式的融資性租賃;對於涉及企業市場競爭的核心設備，不得采用租賃的方式獲得資產;對經營性租賃方式在經濟上應具備可行性。
關聯交易類合同應審核是否涉及關聯交易，關聯交易的額度是否符合企業規定;屬於關聯交易的，合同金額是否在年度剩余關聯交易額度以內。
捐贈、贊助類合同應重點審核交易的涉稅事項。按照企業所得稅扣除要求，非廣告性贊助支出、非公益性捐贈不得在企業所得稅前進行扣除。
涉及押金或保證金條款的合同，應審核押金或保證金收據的開具方式。
五、對印花稅的處理
除以上審核內容以外，企業合同財務審核人員壹般還負責合同印花稅的計算工作。根據合同業務性質、合同類型，選擇相應的印花稅稅目。對於壹些特殊項目，還需要出具審核意見，比如對於租賃合同，在合同審批意見中加入“經審核，該合同為經營租賃合同”等。