001雲霄飛車殺人事件（把工藤新壹變小）
128 黑衣組織10億元搶奪事件（灰原哀姐姐死亡的事件）
129 來自黑衣組織的女子，大學教授殺人事件（灰原哀出現）
176 黑衣組織的再會(灰原篇)
177 黑衣組織的再會(柯南篇)
178 黑衣組織的再會(解決篇)
230 謎壹樣的乘客（上）（赤井秀壹出場，貝爾摩得扮演的新出醫生救柯南，後面有壹集有提及）
231 謎壹樣的乘客（下）
309 和黑暗組織的再會（交涉篇）
310 和黑暗組織的再會（追蹤篇）
340 廁所裏隱藏的秘密（前篇）（柯南幫助灰原哀拿到她姐姐留下的錄音帶）
341 廁所裏隱藏的秘密（後篇）
345 和黑暗組織壹決勝負&滿月之夜的二元推理
425 黑暗沖擊！組織魔爪伸出的瞬間
柯南劇場版:通向天國的倒計時
FBI
出場集數：
230《謎壹樣的乘客（前篇）》
對應漫畫：V29F3-F5
播映時間：2001年04月16日
客戶回去後，爵士俱樂部裏琴酒和伏特加正在密談。那兒出現了偽裝成服務生的貝爾摩德，貝爾摩德壹副已經有壞主意的樣子。
柯南他們因為去滑雪旅行，乘上了該線路的巴士，灰原也在其中。在途中靠站時，新出醫生和朱迪老師也上車了，此時，灰原強烈地感覺到組織的氣息。
231《謎壹樣的乘客（後篇）》
對應漫畫：V29F3-F5
播映時間：2001年04月23日
柯南他們乘坐的巴士被強盜犯二人組劫持了。柯南推測出後排座上的三人中有強盜犯的同夥。強盜犯B通過手機聯絡，要求釋放主犯矢島，巴士進了首都高速。偶然看見窗外氣球的柯南，頭腦中閃現出了誰才是強盜犯的同伴！
254 32/11-33/02 本廳刑事的戀愛故事四（後篇） 2001-10-22 巧遇上新出老師的三人繼續關註事態發展。而以日落前為約定的誓言之吻讓大家更提高木擔心。在柯南的幫助下，高木推理出了犯人。但在追捕犯人之後，日落的時間……
259 32/08-32/10 芝加哥來的男子（後篇） 2001-11-26 依靠未消失的血留下的線索及詹姆斯拿著的步美的少年偵探團徽章。柯南用追蹤眼鏡開始追擊。佐藤，高木及交通課的由美壹起向著罪犯追擊。
286《工藤新壹NY事件（事件篇）》
對應漫畫：V34F11-V35F4
播映時間：2002年07月15日
高燒倒下的小蘭在神誌不清中想起了與新壹壹起去紐約的事情。
新壹與小蘭乘新壹的母親--有希子的愛車前往劇場的途中高速行駛，結果超速被警察逮著。而將有希子解救的是化裝成紐約市拉地休警官的女演員沙朗*韋約得。
287《工藤新壹NY事件（推理篇）》
對應漫畫：V34F11-V35F4
播映時間：2002年07月22日
新壹的母親有希子帶著15歲的小蘭與新壹在沙朗*韋約得的介紹下來到百老匯的幕後參觀。小蘭救下差點被從天花板落下的鎧甲擊中的女演員羅斯，羅斯似乎怕有人要她的命而膽怯萬分。
舞臺劇開始後，以神話為題材的音樂劇達到高潮。舞臺中央吊在空中扮演天使的男演員休斯胸部遭槍擊身亡。
288《工藤新壹NY事件（解決篇）》
對應漫畫：V34F11-V35F4
播映時間：2002年07月29日
擺在新壹的母親-有希子及15歲的小蘭與新壹眼前的是百老匯音樂劇的主演在舞臺被殺事件。嫌疑人應該是同舞臺演出的4名女演員之壹。
新壹在舞臺裝置中發現羽毛後向著事件的真相邁進。有希子聽過新壹的推理後，在舞臺開始解迷秀，將犯人推向絕境。
335《東都顯影所的秘密（前篇）》
對應漫畫：V41F4-F6
播映時間：2003年09月08日
簡介：有希子帶著柯南壹行去拜訪了為電影假面超人試片的東都顯影所。但是、聽說試片是在半夜的有希子由於和航班沖突所以就留下了柯南他們回去了。在壹工作人員穗島的公寓裏小睡壹會兒的的柯南他們在那裏發生
336《東都顯影所的秘密（後篇）》
對應漫畫：V41F4-F6
播映時間：2003年09月15日
簡介：由於推遲了看電影假面超人試片時間，柯南他們在洗照片的穗島的公寓裏小睡壹會兒。這時和他們壹起小睡的營銷的古村被刺殺了。但是，誰也沒有聽到犯人的腳步聲。由於發房間亂的是無法正常走路，而且燈又關了，現場漆黑壹片。根據現場的狀況警察把穗島帶回警局，但……
345《與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重迷案》2小時特別篇
對應漫畫：V42F5-F10
播映時間：2004年01月05日
蘭收到暗示有殺人預告的萬聖節晚會邀請函的小五郎和園子兩個人去了晚會會場。另壹方面、新壹同樣收到了壹份壹樣的邀請函。而且新壹和柯南是同壹個人也漸漸暴露了。柯南用麻醉槍讓拼命阻止他的哀睡著了。在幽靈船會場上扮成亡靈船長的舉辦人是某遊戲開始了。但是發生了舉辦者被殺事件。與此同時、朱笛出現在被壹個人留在家裏的哀的面前
425 48/09-49/04 黑色的沖擊 黑衣組織魔爪伸來的瞬間（2小時特別篇） 2006-01-09 小五郎在與播音員水無憐奈的對話中得知她被惡作劇的門鈴所困擾壹事，便與柯南及蘭壹同前往憐奈的家。小五郎等人雖然抓到了犯人，但此時，柯南卻從安裝的竊聽器中覺察到憐奈實際是黑色組織同黨壹事。隨後，黑色組織制定了於下午1點在edayP暗殺壹個代號為DJ的人的計劃。密切關註著憐奈的FBI探員朱蒂決定聯手柯南，為了阻止暗殺計劃，就要知道ADP和DJ的意思是什麽，隨即展開了推理…。
FBI：
226 格鬥遊戲的陷阱（上集）
227 格鬥遊戲的陷阱（下集）
230 詭密的乘客（上集）
231 詭密的乘客（下集）
258 來自芝加哥的男子（上集）
259 來自芝加哥的男子（下集）
271 急忙掩飾的忽略（上集）
272 急忙掩飾的忽略（下集）
277 英語教師VS西部名偵探（上集）
278 英語教師VS西部名偵探（下集）
286 工藤新壹紐約事件（事件篇）
287 工藤新壹紐約事件（推理篇）
288 工藤新壹紐約事件（解決篇）
338 四輛保時捷（前篇）
339 四輛保時捷（後篇）
345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件
425 Black impact ! 被組織的魔掌觸碰的瞬間