職業判斷在重大會計舞弊審計中的作用主要表現在審計計劃和審計實施兩個階段。
在審計計劃階段，首先要利用註冊會計師的職業判斷，分析被審計單位的行業特點，確定重大會計舞弊可能存在的業務和帳務領域；其次，要利用職業判斷分析重大會計舞弊的最新變化情況，並判斷被審計單位是否也存在類似的舞弊現象；第三，在了解被審計單位的基本情況、研究被審計單位的內部控制時，要利用壹、企業重大會計舞弊的特點分析