1、行政管轄不同：錢塘區和拱墅區是兩個不同的行政區劃，註冊公司的管轄機構也不同。
2、產業特點不同：錢塘區位於杭州市中心，是杭州市的商業、金融和文化中心，擁有發達的服務業和高科技產業；拱墅區則是杭州市的工業重鎮，擁有眾多制造業和傳統產業。
3、辦事效率不同：不同的區域註冊公司所需的時間和手續可能有所不同，具體情況需要根據當地政策和實際情況來確定。
4、稅收政策不同：不同的區域可能會有不同的稅收政策，例如稅收優惠、減免等，需要根據當地政策來選擇註冊區域。因此，選擇在錢塘區或拱墅區註冊公司需要根據具體情況來確定，最好咨詢當地的商務部門或律師事務所等專業機構，以了解當地的政策和實際情況。