該《制度》分總則、財務管理體制、預算管理、收入管理、支出管理、結轉和結余管理、專用基金管理、資產管理、負債管理、成本費用管理、財務清算、財務報告和財務分析、財務監督、附則14章76條，自2013年1月1日起施行。財政部、原國家教育委員會1997年6月23日頒布的《高等學校財務制度》予以廢止。
總則
第壹條為了進壹步規範高等學校財務行為，加強財務管理和監督，提高資金使用效益，促進高等教育事業健康發展，根據《事業單位財務規則》（財政部令第68號）和國家有關法律制度，結合高等學校特點，制定本制度。
第二條本制度適用於各級人民政府舉辦的全日制普通高等學校、成人高等學校（以下簡稱高等學校）。其他社會組織和個人舉辦的上述學校可以參照本制度執行。
第三條高等學校財務管理的基本原則是：執行國家有關法律、法規和財務規章制度；堅持勤儉辦學的方針；正確處理事業發展需要和資金供給的關系，社會效益和經濟效益的關系，國家、學校和個人三者利益的關系。
第四條高等學校財務管理的主要任務是：合理編制學校預算，有效控制預算執行，完整、準確編制學校決算，真實反映學校財務狀況；依法多渠道籌集資金，努力節約支出；建立健全學校財務制度，加強經濟核算，實施績效評價，提高資金使用效益；加強資產管理，真實完整地反映資產使用狀況，合理配置和有效利用資產，防止資產流失；加強對學校經濟活動的財務控制和監督，防範財務風險。