辦公室
1、協助廳領導對廳機關政務、業務等有關工作進行綜合協調，組織廳機關日常工作。
2、負責廳機關公文處理、政務信息、政務公開、檔案、保密、機要、密碼、信訪、督辦等工作，並指導全省水利系統相關工作。
3、負責廳召開的綜合性大型會議、廳務會議和廳長辦公會等會議的組織協調工作，負責廳機關行政會議計劃管理工作。
4、組織廳宣傳、新聞發布工作，指導全省水利系統宣傳工作。
5、指導廳政務信息化規劃與建設工作，負責監管廳網站及政務網的建設、運行管理和內容保障工作。
6、組織草擬廳綜合性重要政務文稿，組織重大水利問題的調研。
7、負責管理水利行政審批和行政許可工作，承擔行政許可窗口的工作。
8、負責廳值班工作，組織廳重要接待工作，承擔廳印章的管理，歸口廳直屬單位的印章管理工作。
9、組織協調和督辦省人大建議和省政協提案的辦理工作。
10、負責管理《中國水利報》湖南記者站，指導《湖南水利水電》編輯發行工作。
11、承辦廳領導交辦的其他事項。
規劃計劃處
1、研究提出全省水利發展規劃、中長期發展規劃，組織水利發展和改革的重大專題研究。
2、組織編制全省水資源綜合規劃、省確定的重要江河湖泊的流域綜合規劃、流域防洪規劃，擬訂全省和跨市州水中長期供求規劃，歸口管理水利專業和專項規劃的編制和報批工作。
3、組織指導有關防洪論證工作，負責重大建設項目洪水影響評價和水工程建設規劃同意書制度的組織實施。
4、組織審查、審批全省重點水利建設項目的項目建議書、可行性研究報告和初步設計。
5、歸口管理水利工程投資計劃，負責提出水利建設投資（含專項資金）的規模、方向和項目安排的意見，負責提出水利建設年度投資建議計劃，負責審批、核準規劃內和年度計劃規模內水利建設投資項目，負責投資水利基建項目和水利前期工作投資計劃管理。
6、組織水利規劃中期評估工作，指導水利建設項目後評估工作。
7、負責協調流域開發、聯村扶貧、水利扶貧、援疆援藏等對口支援項目資金的計劃安排工作。
8、負責全省水利綜合統計工作。
9、指導協調省水利水電重點工程辦公室相關業務工作。
10、承辦廳領導交辦的其他事項。
水資源處
（省節約用水辦公室）
1、負責全省水資源統壹管理，承擔水資源管理、配置、節約和保護工作。
2、組織指導水資源調查、評價和監測工作，組織編制水資源專業規劃並監督實施，組織實施水資源論證制度。
3、負責水權制度建設並監督實施，組織指導水量分配和水資源調度工作並監督實施。
4、負責取水許可制度和水資源有償使用制度的實施和監督；組織指導水資源信息發布，組織編制水資源公報。
5、組織指導計劃用水、節約用水工作，指導全省節水型社會建設，負責編制全省節約用水規劃，負責組織全省用水定額和指導行業用水定額並監督實施。
6、指導城市供水、排水、節水、汙水處理回用等水資源開發有關工作，指導城市汙水處理回用等非傳統水資源開發工作，指導城市供水水資源規劃的編制和實施，指導水利行業供水有關工作。
7、負責編制水資源保護規劃，組織指導水功能區的劃分並監督實施，指導飲用水水源保護和水生態保護工作，組織審查江河湖庫納汙能力，提出限制排汙總量的意見；組織指導水量水質監督、監測工作，負責入河排汙口設置審批工作。
8、組織指導地下水資源開發利用和保護工作，指導水利建設項目環境保護、水利規劃環境影響評價工作，負責水利建設項目環境影響報告書（表）預審工作。
9、承擔省節約用水辦公室的日常工作。
10、承辦廳領導交辦的其他事項。
財務處
1、歸口水利資金的管理，編制省級水利部門預算、決算並負責預算的執行。
2、研究擬訂水利預算管理、財務管理、政府采購等水利資金管理方面的制度並組織實施。
3、研究擬訂全省水利國有資產監督管理的規章制度，負責廳屬水利行政事業單位國有資產監督管理工作，指導廳屬企業國有資本經營及管理工作。
4、研究提出水利價格、行政事業性收費、信貸政策建議，承擔廳非稅收入統壹管理工作。
5、承擔全省水利資金的監督檢查工作，指導省水利項目利用外資的財務管理工作。
6、負責廳機關行政經費支出和財務管理工作，指導廳部門預算單位和廳屬企業財務管理和會計核算等工作。
7、負責省級水利事業費的安排和管理。負責全省水利建設資金（含防洪保安資金）的征收管理工作，配合做好省級水利建設基金的安排工作。
8、承擔省水利廳機關和直屬單位的內部審計工作，指導全省水利系統的內部審計工作。
9、承辦廳領導交辦的其他事項。
建設管理處
1、指導全省山丘區水利樞紐工程的管理和保護。
2、指導全省水利工程建設管理工作，負責省管水利工程開工審批、蓄水安全鑒定和驗收。
3、指導水庫、水閘等水利工程的運行管理和確權劃界工作。
4、組織實施具有控制性的或跨市州及四水跨流域的重要水利工程建設與運行管理。
5、指導四水重要堤防與城市防洪工程以及重要病險水庫、水閘的除險加固工作，並負責省管水利工程項目的監督管理。
6、指導全省水利建設市場的監督管理工作，負責水利建設市場準入、項目法人組建、工程招標投標、建設監理等工作的監督管理，組織指導水利建設市場信用體系建設。
7、指導協調水利建設與管理總站（水利工程質量監督中心站）的相關業務工作。
8、承辦廳領導交辦的其他事項。
水土保持處
1、指導全省水土保持工作。
2、組織編制水土保持規劃並監督實施。
3、負責審核大中型開發建設項目水土保持方案並組織開發建設項目水土保持設施專項驗收工作。
4、負責開發建設項目的水土保持監督檢查。
5、組織指導水土流失監測及其管理工作，組織水土流失監測預報並定期公告。
6、負責省水土流失重點防治區管理工作，組織省重點水土保持建設項目的實施。
7、負責水土保持規費征收制度的實施。
8、承擔省水土保持委員會辦公室的日常工作。
9、負責管理省水土保持監測總站。
10、承辦廳領導交辦的其他事項。
科技外事處
1、負責全省水利科技工作，研究擬訂水利科技政策與水利科技發展規劃。
2、組織指導全省水利科技創新體系建設，負責水利科技項目和科技成果的管理工作，組織重大水利科學研究、技術引進與科技推廣工作。
3、歸口管理全省水利科技項目的立項、審查工作，負責全省水利科技成果的審查和申報工作。
4、指導廳屬科研院所的科研工作。
5、指導並監督實施水利行業的技術標準和規程、規範，擬定省水利行業有關技術標準和規程、規範。
6、負責廳機關及廳直單位的外事工作，協調水利系統涉外活動。
7、指導水利系統對外經濟、技術合作交流及引進國外智力工作。
8、負責選派廳系統因公出國（境）人員並辦理有關手續，負責因公出國人員、涉外人員外事政策和外事紀律教育及外事接待等工作。
9、承擔水利廳科學技術委員會的日常工作。
10、指導湖南省水利學會的日常工作。
11、承辦廳領導交辦的其他事項。
安全監督處
1、指導全省水利行業安全生產工作，組織開展水利行業安全生產檢查和專項督查。
2、組織開展水利工程建設安全生產和水庫、水電站大壩等水利工程安全的監督檢查，組織或參與重大水利安全事故的調查處理。
3、組織水法律和水行政法規、規章實施情況的監督檢查，參與省人大、省政府組織的水利法律、行政法規的執行檢查。
4、起草地方性水利法規、規章，承辦地方性水法規規章立法中的協調等有關工作。
5、負責水法律法規和水利政策的研究工作，指導水利系統法制宣傳教育工作，制訂水利普法規劃和年度計劃並組織實施。
6、擬訂水利政策研究與制度建設規劃和年度計劃並組織實施，研究擬訂綜合性水利政策。
7、組織協調水利系統依法行政工作，負責廳系統行政執法、行政許可、行政處罰的法制監督。
8、負責廳規範性文件的管理和清理工作，承擔廳機關規範性文件合法性審核和廳直屬單位規範性文件備案管理工作。
9、承擔廳行政復議、行政賠償和訴訟工作。
10、承擔廳安全生產領導小組辦公室的日常工作。
11、承辦廳領導交辦的其他事項。
人事處
1、組織擬訂全省水利系統人才規劃，指導全省水利系統隊伍建設。
2、組織指導幹部人事制度改革，負責隊伍建設和幹部管理、考核、監督工作，承辦廳管幹部的日常管理工作。
3、負責廳機關公務員和參照公務員法管理事業單位工作人員的管理工作。
4、組織實施專業技術職務評審、水利行業職業技能鑒定工作，指導廳直屬單位專業技術職務評聘和專家管理工作，負責水利行業職業資格管理工作。
5、負責機構改革、機構編制管理工作，負責廳社團歸口管理工作。指導水利行政管理體制改革工作。
6、負責人才工作，承擔軍隊轉業幹部、退伍士兵安置，專家管理工作及人才引進工作。按權限管理幹部職工的人事檔案，指導廳直屬單位人事檔案工作。負責幹部人事統計工作。
7、指導廳機關和直屬單位工資管理工作，指導廳直屬單位收入分配制度改革。組織指導廳直屬單位職工勞動保護、保險福利、衛生保健工作。
8、負責廳機關和直屬單位幹部教育培訓管理工作。組織擬訂廳系統水利幹部教育培訓規劃並監督實施。組織廳系統專業技術教育，組織開展水利行業各層次學歷再教育工作，歸口管理廳培訓工作。
9、組織協調績效評估和目標考核工作，歸口管理廳獎懲工作。
10、負責聯村扶貧、水利扶貧、援疆援藏等對口支援工作。
11、負責廳管幹部因公出國（境）的政審和國家工作人員因私出國（境）備案工作。
12、承辦廳領導交辦的其他事項。
離退休人員服務處
1、貫徹落實國家和省有關離退休人員工作的方針、政策。
2、組織落實廳機關離退休人員的政治和生活待遇。
3、承擔廳機關離退休人員經費管理工作。
4、負責廳機關離退休人員日常管理服務工作。
5、組織廳機關離退休人員開展文化體育活動。
6、指導廳直屬單位的離退休人員管理服務工作。
7、承辦廳領導交辦的其他事項。
機關黨委
1、宣傳貫徹黨的路線、方針、政策。
2、指導廳直屬單位和負責廳機關黨群工作。
3、組織指導廳機關及在長直屬單位黨員政治理論學習，編制黨員領導幹部政治理論培訓計劃並組織實施。
4、負責黨務幹部的培訓和黨務幹部隊伍建設。承擔黨員管理、監督和發展工作，維護黨員的權利，協同紀檢部門加強黨風廉政建設。
5、指導全省水利精神文明創建和廳直單位思想政治工作研究工作。負責廳精神文明建設工作，負責統戰工作以及黨員、群眾的思想政治工作。
6、指導廳直屬機關工會、***青團、婦女工作委員會的工作。
7、承辦廳黨組和上級組織交辦的其他事項。
（廳監察室）
省紀委駐省水利廳紀檢組
1、監督檢查駐在單位及所屬系統執行黨的路線方針政策和決議，遵守國家法律、法規，執行省委省政府決定、命令的情況。
2、監督檢查駐在單位黨組和行政領導班子及其成員維護黨的政治紀律，貫徹執行民主集中制，選拔任用領導幹部，貫徹落實黨風廉政建設責任制和廉政勤政的情況。
3、經批準，初步核實駐在單位和行政領導班子及其成員違反黨紀政紀的問題；參與調查駐在單位和行政領導班子及其成員違反黨紀政紀的案件；調查駐在單位處級幹部違反黨紀政紀的案件及其他重要案件。
4、協助駐在單位黨組和行政領導班子組織協調駐在部門及所屬系統的黨風廉政建設和反腐敗工作。
5、受理對駐在單位黨組織、黨員和行政監察對象的檢舉、控告，受理駐在單位黨員和行政監察對象不服處分的申訴。
6、承辦省紀委、省監察廳和省水利廳黨組交辦的其他事項。
總工程師室
1、負責全省性流域規劃、區域規劃、各類專項規劃的技術指導。負責各類規劃初步審查的技術把關工作。
2、負責大中型水利水電工程的項目建議書、可行性研究、初步設計的技術審查把關工作。
3、歸口管理、指導和協調廳機關各部門各單位及廳直單位的有關技術工作。
4、承辦廳領導交辦的其他事項。
機關後勤服務中心
1、負責廳機關院內基建規劃和年度計劃的編制並組織實施。
2、負責廳機關綜合治理工作並指導廳直屬單位相關工作，負責廳機關大院建設管理、治安、保衛、安全、消防等工作。
3、負責廳機關人武、人防、國防動員等工作。
4、負責廳機關節能減排工作的監督管理。
5、負責廳機關固定資產、房產等物業管理工作。
6、歸口廳機關機動車輛的調度管理等相關工作。
7、負責廳機關計劃生育、保健服務、衛生宣傳等工作。
8、負責管理廳機關職工集體戶口、聯系辦理職工適齡子女入學、入托手續。
9、負責管理廳機關幼兒園。
10、負責聯系社區。
11、承辦廳領導交辦的其它事項。
其他行政機關
湖南省洞庭湖水利工程管理局
湖南省防汛抗旱指揮部辦公室
湖南省農村水電及電氣化發展局（湖南省農村水電及電氣化發展中心）
湖南省水利工程管理局
湖南省水利廳綜合事業局
湖南省水利水電重點工程辦公室
湖南省水政監察總隊
湖南省水利廳信息中心
湖南省水利工程質量監督中心站
湖南省水土保持監測總站