中小企業要做好財務控制，必須建立嚴格的財務控制制度，包括以下幾個方面:
不兼容的工作分離系統。這就要求中小企業合理設置財務會計及相關崗位，明確職責權限，形成制衡機制。不相容職務包括:授權審批、業務辦理、會計記錄、財產保管、審計檢查等職務。比如有采購審批權的人員不能直接從事采購業務，從事采購業務的人員不得從事倉儲業務。
授權批準控制系統。這就要求中小企業明確界定涉及財務會計及相關工作的授權範圍、權限、程序和責任。單位內部各級管理人員必須在授權範圍內行使職責，管理人員也必須在授權範圍內辦理業務。比如采購人員必須在授權額度內辦理采購業務，超出這個額度的必須經過主管批準。
會計系統控制系統。中小企業應當根據《會計法》和國家統壹的會計制度，制定適合本單位的會計制度，明確會計工作流程，建立崗位責任制，充分發揮會計監督職能。會計制度控制體系包括企業會計制度、會計工作制度、會計人員崗位責任制、財務會計部門職責、會計檔案管理制度等。壹個好的會計系統控制系統是企業順利進行財務控制的有力保證。
做好現金流預算控制
企業財務管理首先應該關註現金流量，而不是會計利潤。中小企業應通過現金流預算管理做好現金流控制。
現金流量預算的編制應遵循收入與費用相匹配的原則，采用零基預算方法，以收付實現制反映現金流入和流出。經過反復匯總平衡，最終形成年度現金流預算。同時，根據年度現金流預算，制定不同時期的動態現金流預算，動態控制日常現金流。
做好應收賬款的控制。
在市場競爭日益激烈的今天，中小企業不得不以信用的形式進行業務交易，很難降低應收賬款在經營中的比重。應收賬款控制主要從以下幾個方面進行:準確的財務核算，清晰的債權債務關系。中小企業必須有完整的應收賬款核算體系，原始憑證必須真實完整；評估客戶的信用程度，制定相應的信用政策。中小企業必須根據客戶的信用水平，為客戶制定信用標準；通常從信用質量、還款能力、資金、抵押物、經濟狀況五個方面來評價客戶的信用程度。中小企業可以根據對其信用等級的分析，對客戶進行排隊，選擇信用等級好的客戶，拒絕信用等級差的客戶。加強應收賬款的賬齡分析，確定收款率和應收賬款余額的百分比。中小企業可以根據賬齡分析和銷售合同制定收款率和應收賬款余額的百分比，以保證應收賬款的安全，加快資金周轉，減少壞賬損失。做好債務風險控制
債務風險主要是指債務帶來的企業收益的不確定性。企業的負債經營會影響自有資金的盈利能力。因為債務要支付利息，債務人對企業的資產有優先受償權。如果公司經營不善或出現其他不利因素，資不抵債和破產的風險就會增加。但另壹方面，債務的有效利用可以大大提高企業的收益。當企業經營良好，利潤較高時，高負債會帶來企業的快速增長。