總賬系統的初始設置是指將通用會計軟件轉換為專用會計軟件，並將手工會計業務數據移植到計算機中的壹系列準備工作，是使用財務軟件的基礎。
總賬系統初始設置為基礎流程設置、總賬控制參數設置、憑證類別錄入、期初余額設置、外幣及匯率設置、結算方式設置、賬戶設置、項目目錄設置。