兩種會計核算基礎由於收入和費用確認的依據不同，由此產生了會計核算的差異：
壹是會計科目設置不同。權責發生制存在費用的待攤和預提問題等，而收付實現制不存在這些問題，所以在會計核算時兩種核算基礎所設置的會計科目不同。
二是會計核算的繁簡不同。權責發生制下期末對賬簿記錄進行調整之後才能計算盈虧，核算比較麻煩，而在收付實現制期末不要對賬簿記錄進行調整，即可計算盈虧，手續比較簡單。
三是會計核算的結果不同。兩種會計核算基礎由於收入和費用確認的依據不同，從而由此產生的會計核算結果也不同，包括計算出來的收入和費用金額不同，計算的盈虧數字不同。
擴展資料
例，某單位2015年2月發生下列經濟業務：銷售甲產品壹批價款6萬元，貨款已收存銀行。銷售乙產品壹批價款8萬元，收到為期2個月商業匯票壹張。銀行通知收到東方公司上月欠付貨款5萬元。銀行收到丙產品預收貨款45000元。以銀行存款支付本月生產費7萬元。
以銀行存款支付上月材料費3萬元。以銀行存款預付材料款9萬元。本月接受華都公司勞務35000元，合同規定貨款延期到下月支付。請計算兩種會計核算基礎下損益。
從上述計算結果可以判斷，由於權責發生制是以應收應付為標準來確定收入和費用的歸屬、配比，因此，計算出來的盈虧較為準確，而收付實現制反映了企業現金流入不足，需要防範財務風險。
百度百科-權責發生制
百度百科-收付實現制