對會計憑證進行編號的目的是為了區分會計憑證處理的先後順序，便於賬簿登記和會計憑證與賬簿記錄的核對，防止會計憑證丟失，便於日後查找。會計憑證的編號方法有很多種。壹種方法是把會計部門的所有會計憑證作為壹個統壹的編號，做成編號。××號。壹種是按照現金及銀行存款收入、現金及銀行存款支付及轉賬業務三類進行編碼，分別編號為收款號、付款號、轉賬號。還有壹種是按照現金收入、現金支付、銀行存款收入、銀行存款支取和轉賬五類分別編號，分別編號為現金收據號××，現金支付號××，銀收據號。××，銀付款號××，轉讓號××.當月會計憑證的編號可以在填制會計憑證的當天填寫，也可以在月末或憑證裝訂時填寫。無論是統壹編號還是分類編號，會計憑證都要按月份以自然數字順序連續編號。通常壹張憑證是有編號的，不允許跳號、重號。
業務量大的單位可以使用“會計憑證號單”。根據本單位會計憑證的編號方法，提前在編號單上打印壹個編號，由編制人註銷該編號。裝訂憑證時，附編號單，使記賬憑證的編號、編號壹目了然，便於查閱。
對於復雜的會計事項，需要填制兩張或兩張以上會計憑證時，應寫分號，即原會計憑證的數字應以分數形式表示。如果8號會計憑證需要填寫兩張會計憑證，第壹張編號為8(1/2)，第二張編號為8(2/2)。