審計局是地方行政單位，國家公務員編制。審計局主要負責對地方政府部門和所有企事業單位的審計監督。審計局的審計主要包括:市政府部門財務審計、行政事業審計、經濟貿易審計、固定資產投資審計、農業資源環境審計、各級幹部審計。
會計師事務所主要出具企業財務審計報告，前提是有兩名具有專業資格的中國註冊會計師簽字蓋章確認。根據《註冊會計師法》規定，註冊會計師嚴格按照職業準則和規則確定的工作程序，對企業提供的財務報表承辦業務，出具報告。會計師事務所出具的審計報告，在社會經濟活動中主要起到鑒定和服務的作用。
審計局的審計報告，是對國家部門和地方各級人民政府及其部門的財務收支，國有金融機構和企業事業組織的財務收支，以及依照本法規定應當審計的其他財務收支的審計監督。審計局出具的審計報告具有強制性，國家必須對審計局出具的審計報告中提出的問題進行處理和整改。
壹般來說，會計師事務所出具的審計報告主要是受社會中小企業委托，對其所在單位提供的財務報表進行審計，主要用於核實企業財務狀況，而審計局的審計是依法對國家行政部門和國有企業進行財務審計，主要是向市人民政府及相關部門通報審計情況，提出和完善相關政策法規的建議。這說明這兩種審計報告性質不同，不能相互替代。