市交通運輸行政主管部門是特區城市公共汽車運輸的行政主管部門，負責組織實施本條例。
市交通行政主管部門負責金平、龍湖、濠江區城市公共車輛運營的監督管理；澄海、潮陽、潮南、南澳縣(以下簡稱區(縣))交通運輸行政主管部門負責本轄區內城市公共汽車運營的監督管理工作。
發展改革、自然資源、住房和城鄉建設、城市管理和綜合執法、公安、市場監督管理、財政、國有資產監督管理、稅務、生態環境、綜合執法等部門應當按照各自的職權，協同交通運輸行政主管部門實施本條例。第五條發展城市公共汽車交通應當符合國家空間規劃，滿足經濟發展、城市建設、環境保護和公眾出行的需要。第六條市、區(縣)人民政府應當將城市公共汽車交通發展納入國民經濟和社會發展規劃，將城市公共汽車交通發展專項資金納入本級財政預算，在財政政策、城市規劃、用地保障、設施建設、交通管理、安全防範等方面體現公交優先原則。，以保障城市公交交通設施建設和車輛購置、更新、升級。
市、區(縣)人民政府應當鼓勵和支持采用新技術、新能源、新設備，推廣應用大數據、移動互聯網等信息技術，加強公交線路運營顯示系統、多媒體綜合查詢系統、乘客服務信息系統、車輛運營調度管理系統、安全監控系統和應急響應系統的智能化建設，提高城市公交客運服務水平。第二章規劃與建設第七條市、區(縣)人民政府應當根據國家空間規劃，組織本級交通運輸、發展改革、自然資源、住房和城鄉建設、公安、財政、生態環境等部門編制城市公共汽車交通規劃。
編制城市公交交通規劃應當按照科學合理、適度超前、城鄉壹體化的要求，與城鄉發展布局、功能區劃、土地配置和道路建設相協調，優化配置城鄉公交交通資源，科學規劃設施布局，建設幹線、快線、支線、專線等公交網絡，加強與軌道客運、水上客運、道路客運等其他客運方式和對外交通的有效銜接。
編制城市公共汽車交通規劃應當采取論證會、聽證會或者其他形式，征求有關部門、專家學者和公眾的意見。第八條市交通運輸行政主管部門應當會同自然資源、住房和城鄉建設、公安等部門，制定城市公共汽車交通規劃，報市人民政府批準後實施；區(縣)交通行政主管部門編制城市公共汽車交通規劃應當事先征求市交通行政主管部門的意見，經本級人民政府批準後實施。
經批準的城市公共汽車交通規劃，任何單位和個人不得改變；確需變更的，應當按照規劃程序重新報批。第九條交通運輸行政主管部門設置和調整城市公交線路，應當遵循方便出行、方便換乘的原則，符合城市公交線路安全暢通的交通規劃要求。
交通運輸行政主管部門應當定期組織城市公交客流調查和線路調查，優化調整城市公交線網，提高出行不便地區的線網覆蓋率和站(點)覆蓋率。第十條交通運輸行政主管部門應當會同自然資源、住房和城鄉建設、公安、生態環境等有關部門。，根據交通規劃、客流調查和線路調查，制定城市公交線路的開通、調整和終止方案，線路重復率壹般不得超過三分之壹；區(縣)交通行政主管部門可以根據本轄區的實際需要，提出跨區域發展、調整和終止線路的意見，經市交通行政主管部門會同有關部門審核同意後，納入線路發展、調整和終止計劃。
城市公交線路的開辟、調整和終止方案，應當在制定前公開征求社會各方面的意見，並在實施之日前十日向社會公布。