杭州市余杭區國家稅務局是杭州市余杭區主管國家稅收工作的職能部門，為正處級全職能局。根據工作職責，設置11個內設機構（另單設機關黨委辦公室）、1個直屬機構、3個派出機構和2個事業單位。 杭州市余杭區國家稅務局設置11個內設機構，級別為正科級。
（壹）辦公室
擬訂機關年度工作計劃、有關工作制度及長遠發展規劃；起草和審核重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密、密碼等工作；承擔稅收宣傳、新聞發布及機關政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣及獎勵工作；管理機關財務工作；負責局機關目標管理考核及督查督辦工作；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理人大代表建議和政協委員提案的有關事項;協助領導對有關工作進行綜合協調。
（二）政策法規科
承擔重大稅收案件審理工作；辦理行政復議、賠償案件及行政訴訟案件；組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性文件執行情況的監督檢查，承擔稅收執法質量考核工作；配合財政、審計等部門對稅務部門在稅收政策上的監督與審計工作。負責流轉稅、所得稅等稅種的稅政業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程的管理、推廣應用及認證報稅、數據采集、稽核管理工作。
（三）收入核算科
編制年度稅收計劃、免抵調庫計劃；監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；承擔稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收收入數據的綜合管理應用工作；負責稅款緩繳、呆帳稅金、死欠稅款核銷管理工作。
（四）納稅服務科
組織、協調和指導機關各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性文件；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅收爭議的調解；承擔12366熱線、網站納稅服務欄目、短信系統的運行管理工作；負責稅務代理工作的監督、管理、指導、協調。
（五）征收管理科
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體操作辦法；承辦征管質量考核、風險管理和稅收收入征管因素分析工作；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅收征管軟件應用、稅控器具推廣應用、納稅信用評定、委托代征代扣稅款等方面的相關工作；組織落實個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
（六）人事教育科
組織落實幹部人事管理制度；承擔機構編制、幹部任免、人員調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；監督檢查執行幹部人事規章制度情況；管理機關外事工作；組織實施機關精神文明建設、稅務文化建設和基層建設；擬訂並組織實施人員培訓、學歷教育工作規劃、年度計劃，開展培訓質量考核與評估；落實上級巡視相關工作；承擔機關離退休幹部的服務和管理工作。
（七）監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；組織協調本系統的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對機關工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處機關工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作；牽頭負責ISO9000體系文件和質檢考核文件維護；組織開展全局“兩級質檢”工作。
（八）稅源管理壹科
負責流轉稅、所得稅等多個稅種的納稅評估、日常稽核和日常管理性檢查工作；負責所轄範圍內增值稅壹般納稅人、所得稅重點企業的具體納稅評估工作和上級機關部署的重點評估企業的納稅評估工作；牽頭組織開展行業、區域性或重點稅源專項納稅評估工作；推廣應用評估軟件，及時報送納稅評估案例及相關材料。
（九）稅源管理二科（辦稅服務廳）
負責對所轄納稅人的監控、管理和服務，具體負責所轄調查核實納稅戶稅務登記及納稅申報、進行稅源預測和分析、重點稅源管理跟蹤監控、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據采集分析、處理壹般性違規違章行為等。
負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，具體包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款解繳、欠稅公告、發票購銷、稅法（宣傳）公告、金稅發售、發行、發票代開、報稅稽核、咨詢輔導和受理納稅人涉稅項目審批申請等工作。
稅源管理二科內設股室參照稅務分局設置；所屬辦稅服務廳對外服務的名稱統壹為“杭州市余杭區國家稅務局辦稅服務廳”。
（十）稅源管理三科
負責國家進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實、日常監督檢查工作，負責出口貨物退免稅的審核和確認，負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣應用和維護工作，編制出口退（免）稅計劃。
（十壹）稅源管理四科
承擔對大型企業和重點稅源企業的納稅服務指導工作；負責對大型企業和重點稅源企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查的指導工作；牽頭開展對匯總（合並）納稅企業稅收日常檢查的指導工作。貫徹執行國家涉外稅收法律法規，配合有關部門組織實施反避稅檢查，負責稅收協定執行、反避稅實施、涉外稅務審計、外國居民稅收監管、情報交換、國際稅務管理合作等；負責所轄外商投資企業、外國企業的稅源管理指導工作，組織實施特別納稅調整工作。
另外，根據規定設立機關黨委辦公室（簡稱“機關黨辦”）
負責機關和派出機構的黨群工作；承擔機關思想政治工作；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員等工作。 稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作。
按照《浙江省國家稅務局系統規範稽查機構設置明確職責分工方案》（浙國稅人〔2008〕77號），稽查局設5個內設機構，級別為副科級，分別是：綜合科、綜合選案科、檢查科、案件審理科、案件執行科。
1、綜合科
負責稽查局綜合性文書；負責稅務稽查數據統計、分析、上報；負責稽查業務培訓；負責稽查局公文處理、後勤保障、財物管理、衛生管理、車輛管理、安全保衛、臨時人員、離退休幹部管理等工作；負責組織實施“兩級質檢”工作；承辦領導交辦的其它工作。
2、綜合選案科
負責涉稅舉報管理工作；根據群眾舉報、有關部門轉辦、上級交辦、情報交換等資料確定稽查對象；按照上級和本級稅務稽查工作計劃，采用人機結合等方法，篩選確定稽查對象等。
3、檢查科
負責按稽查工作計劃具體辦理涉稅違法案件的直接查處工作；負責稅務違法案件的協查工作；負責協查函件的承辦和管理工作；負責計算機協查工作；負責稅務違法案件的協查工作；承辦領導交辦的其它工作。
4、案件審理科
負責稅務違法案件審理和稅務行政處罰案件聽證工作；負責移送局案審委員會涉稅違法案件的初審工作；承辦領導交辦的其它工作。
5、案件執行科
負責稽查案件的執行工作；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；承辦領導交辦的其它工作。 杭州市余杭區國家稅務局按行政區劃分別設置塘棲稅務分局、余杭稅務分局、瓶窯稅務分局等3個稅務分局，級別為正科級。
稅務分局負責對所轄納稅人的監控、管理和服務，具體負責所轄調查核實納稅戶稅務登記及納稅申報、進行稅源預測和分析、重點稅源管理跟蹤監控、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據采集分析、處理壹般性違規違章行為等。
負責納稅人到稅務機關辦理的相關涉稅事項，具體包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款解繳、欠稅公告、發票購銷、稅法（宣傳）公告、發票代開、報稅稽核、咨詢輔導和受理納稅人涉稅項目審批申請等工作。
稅務分局設置綜合股、納稅服務股、稅源管理壹股、稅源管理二股、稅源管理三股、稅源管理四股等6個內設股室。
1、綜合股
負責分局所轄納稅人的戶籍管理及稅務登記、變更、停（復）業、註銷、非正常戶等管理工作；負責增值稅壹般納稅人資格及其管理類別的相應管理工作；負責福利企業的年檢年審的相應工作；負責流轉稅、所得稅等稅種稅政業務審批項目的審核；按上級要求負責金稅工程的計劃和推廣工作；按權限負責發票領用資格的審核、上報工作；負責對分局涉稅業務的政策指導、監督、檢查工作；負責與業務主管部門的日常工作聯系和稅收政策的上情下達；負責分局征管質量工作的指導、分析、監督、檢查；負責分局思想政治、紀檢監察、行風建設、教育培訓、信息調研、公文處理、後勤保障、出納、財物管理、衛生管理、車輛管理、安全保衛、臨時人員、離退休幹部管理等工作；負責組織實施分局稅收執法質量考核和“兩級質檢”工作；承辦領導交辦的其它工作。
2、納稅服務股（辦稅服務廳）
負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，具體包括納稅申報、稅款征收、稅款解繳、欠稅公告、發票購銷、發票代開、稅法宣傳、金稅發售、報稅稽核、咨詢輔導和受理各類稅務文書申請；受理稅務行政許可事項申請；處理壹般性違規違章行為；開具外出經營稅收管理證明、銷貨退回（折讓）證明等單證；負責稅收票證的管理；承辦領導交辦的其它工作。
分局所屬辦稅服務廳對外服務的名稱統壹為“杭州市余杭區國家稅務局XX分局辦稅服務廳”。
3、稅源管理壹股
根據上級布置和分局征管工作要求，負責所轄納稅人的流轉稅、所得稅等多個稅種的納稅評估、日常稽核和日常管理性檢查的實施工作；負責所轄範圍內增值稅壹般納稅人、所得稅重點企業的具體納稅評估工作和上級機關部署的重點評估企業的納稅評估工作；及時報送納稅評估案例及相關材料。
4、稅源管理二股
負責對分局所轄企業（大型企業、重點稅源企業和涉外企業除外）的監控、管理和服務，具體負責所轄調查核實納稅戶稅務登記及納稅申報、進行稅源預測和分析、稅源管理跟蹤監控、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、納稅評估、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據采集分析、處理壹般性違規違章行為等。
5、稅源管理三股
負責對分局所轄個體工商戶的監控、管理和服務，具體負責所轄個體工商戶稅務登記、建帳建證、定額管理、催報催繳、稅收宣傳、納稅輔導、數據采集分析、處理壹般性違規違章行為等。
6、稅源管理四股
承擔對分局所轄大型企業和重點稅源企業提供納稅服務工作；承辦匯總（合並）納稅企業、重點稅源企業的納稅評估、稅收日常檢查的有關工作。貫徹執行國家涉外稅收法律法規，根據上級要求，配合有關部門組織實施反避稅檢查，具體負責稅收協定執行、反避稅實施、涉外稅務審計、外國居民稅收監管、情報交換、國際稅務管理合作等；負責所轄外商投資企業、外國企業的稅源管理工作，負責特別納稅調整工作的具體實施。 杭州市余杭區國家稅務局設置2個事業單位，級別為正科級。
（壹）信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，執行信息系統管理制度和技術標準；承擔機關信息化建設的技術支持、保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織信息安全管理與實施；負責機關計算機設備的維修、維護、調配管理。
（二）機關服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施；承擔機關辦公用品的采購、保管、分配、維修；負責局機關房產管理、安全保衛、醫療保健等工作；負責局機關裝備管理。