會計電算化與手工核算相比，不僅僅是處理工具的變化，它在賬務處理程序、方式、內部控制方式及組織機構等方面都與手工處理有許多不同之處。
(壹)工具不同 手工核算使用的工具是算盤、電子計算器或壹些相關的機械設備。會計電算化使用的工具是電子計算機，數據處理過程由電子計算機完成。
(二)信息載體不同 手工核算的所有信息都以紙張為載體，占用空間大，保管不易，查找困難。會計電算化除必要的會計憑證、賬簿、報表之外，均可用光盤、磁盤、磁帶等材料作為信息載體，占用空間小，查找方便，保管容易。
(三)記賬規則不同 手工核算規定日記賬、總賬要用訂本式賬冊，明細賬可用訂本式或活頁式賬冊；賬簿記錄的錯誤要用劃線法或紅字沖銷法、補充登記法更正；賬頁中的空行、空頁用紅線劃銷等。會計電算化打印輸出的賬頁是折疊或卷帶狀的，與手工的賬簿明顯不同。會計電算化不可能完全采用手工系統改錯的方法，比如電算化環境下不存在劃線更正法。為了保證審計的追蹤線索不致中斷，會計電算化規定：凡是已經記賬的憑證數據不能更改，只能采用紅字沖銷法和補充登記法更正，以便留下改動痕跡。
(四)賬務處理程序不同 手工核算的賬務處理程序主要有四種，但是都避免不了重復轉抄與重復計算的根本弱點，伴之而來的是人員與環節的增多和差錯的增多。會計電算化的賬務處理程序有兩種方案。按目前的經濟善與開發水平，可采取第壹方案，即基本上按手工核算的方式進行移植，但過程卻發生了變化，且允許同時采用多種核算形式。 第二方案為理想化的全自動賬務處理程序，即：會計憑證磁性化(或條形碼)，在規格化的會計憑證上用磁性墨水書寫(或打上條形碼)，由閱讀機識別後將數據輸送到計算機；由用戶定義數據存儲形式和加工方法，由計算機對數據進行加工處理；由用戶宣言輸出形式與結果，由輸出設備(顯示器、打印機)進行查詢與打印。
(五)會計工作組織體制不同 在手工系統下，會計部門壹般分為若幹會計工作，如工資、材料、固定資產、成本等崗位，進行專門的業務核算，設專人負責記賬、編制報表工作。在會計電算化中，會計工作崗位的劃分已經發生了，如設置了數據錄入、審核、維護等崗位。
(六)人員構成不同 手工核算下的人員均是會計專業人員，會計電算化中的人員將由會計專業人員、計算機軟件、硬件及操作人員組成。 (七)內部控制方式不同 在會計電算化中，原來的內部控制方式部分地被取消或改變。如原來通過賬證核對、賬賬核對、賬表核對的控制方式，基本上已經不復存在，代之以更加嚴密的輸入控制；又如除保留了簽字、蓋章等控制外，還增設了權限控制、時序控制等。