(1)科研業務費:購買、種植、繁育實驗動植物的費用，計算、測試、分析費用(僅限使用本單位設備的消耗性費用)，本項目必需的國內研究、學術會議費用，印刷業務資料、報告、論文的費用，經本單位有關部門批準的臨時勞務費；
(二)實驗材料:原材料、試劑、藥品等耗材、標本、樣品的采集加工費、雜項包裝費；
(3)儀器設備費:專用儀器設備購置費，運輸、包裝、安裝費，自制專用儀器設備的材料、配件及外部加工費。但交通運輸設備、音像錄制回放設備、復印打印設備、空調制冷設備、辦公設備等費用不包括在內。如有特殊需要，應說明情況並經國家自然科學基金委員會相關科學部(以下簡稱基金會相關科學部)批準；
(4)實驗室改裝費:根據基金資助項目研究工作的需要，為改善實驗室條件而進行的。
單純的裝修費。土建、房屋維修、實驗室擴建等費用不得計入；
(5)合作費:指其他單位的合作者承擔基金資助項目的研究和實驗工作所需的經費；
(6)管理費:基金項目所在單位應為基金項目的研究工作提供良好的服務。對經費獨立的科研院所和高等院校，每個項目管理費不超過資助金額的5%，最高不超過5000元，與年度撥款同步分年提取，用於沖抵科學基金資助項目應分攤的水、暖、電、氣等費用。不要重復提取或提高限額。第六條購買大型儀器設備和電子計算機(含微型計算機)，必須詳細說明理由，經基金委相關科學部審批後方可購買。第七條本辦法規定的支出範圍不包括國際合作與交流經費。受資助項目確需對外合作交流的，必須單獨向基金委相關科學部提出申請。國家自然科學基金委批準的合作與交流項目在國際合作專項經費中支出。第三章撥款第八條科學基金申請人及其所在單位收到國家自然科學基金資助項目批準書後，根據批準的資助總額、研究年份和研究內容，編制支出計劃，連同國家自然科學基金資助項目研究計劃，在壹個半月內壹式兩份報送基金委相關科學部。經審核後，壹份轉總局，作為財政撥款的依據。因故不能按期提交的，應提前向相關科學部書面說明原因，否則按放棄接受資助處理。第九條基金項目撥款壹般每年壹次。以第壹次支出計劃為基礎；第二次資助後，收到資助項目年度研究工作進展報告，經基金委相關科學部審核，總局簽署。工作進展正常的，按照支出計劃中相應的年度數額撥付；如果工作提前推進或者有急需，可以申請提前撥款；如果工作進度異常或資金使用不當，將會減少或暫停資金，甚至撤銷資助。未上報年度研究進展報告的，暫不撥付經費。第十條基金項目合作者所需經費由基金項目負責人提出，由其所在單位撥付給合作者所在單位進行監督管理，由合作者自行支配使用。第四章監督和管理第十壹條科學基金資助項目經費的使用和管理應當便於科學研究，有利於發揮科研人員的積極性和主動性。計劃支出由項目負責人審核簽字，支付計劃可根據研究工作進展和設備供應情況進行調整；如改變資金用途，必須經單位領導批準。第十二條受資助項目所在單位只能有壹個銀行賬戶辦理科學基金的財務業務。如有變化，應及時通知國家自然科學基金委總局。第十三條資助項目所在單位應指定專人負責科學基金的財務工作，並按時提交年度會計報告(格式另定)。財務管理混亂或年度會計報告不及時的，暫停撥付。合作者所在單位應按規定向資助項目所在單位提供財務報表。