實行國庫集中支付制度後，專項資金的分配需要事先進行詳細的論證和核實，不能再隨意估算預算。而且重大項目報批時，必須按規定進行可行性論證，才能給預算。預算執行時間和財政資金支出時間相對壹致，促使事業單位預算按規定行使，降低財政資金支出風險，增強事業單位預算執行的嚴肅性。
國庫集中支付制度下事業單位會計存在的問題：
1.事業單位會計核算存在問題。
事業單位會計核算不規範，會計處理資金收支不熟練，預算單位對調整指標了解不多，都造成了事業單位會計核算存在問題。
壹是核算方法不夠正確，是對改革後的實際情況了解不夠造成的。
二是零余額賬戶的使用和管理無法規範。實行國庫集中支付制度後，事業單位在會計核算和支出過程中存在現金支取和保管等問題。
第三，現行國庫基金結余與原會計制度之間也存在過渡和銜接問題。在實際清算等結算工作中，事業單位的賬面有無差錯。
2.事業單位會計分錄基礎存在問題。
壹是票據供應渠道不統壹。財政部門在審核事業單位收入時，有的票據由上級部門提供，有的單位收入票據由相關財政部門提供。這些不統壹的票據來源，很難從源頭上控制事業單位的實際收入。
二是部分機構會計從業資格證書不符合要求或檔案管理不符合標準管理規範。