中國科學技術大學的優勢專業有：
1、壹級學科國家重點學科
學科名稱
數學
物理學
化學
地球物理學
生物學
科學技術史
力學
核科學與技術
2、二級學科國家重點學科
學科名稱
天體物理
地球化學
通信與信息系統
計算機軟件與理論
安全技術及工程
管理科學與工程
3、安徽省壹級學科重點學科
學科名稱
哲學
天文學
地質學
生態學
生態學
光學工程
儀器科學與技術
材料科學與工程
動力工程及工程熱物理
電子科學與技術
信息與通信工程
控制科學與控制工程
計算機科學與技術
環境科學與工程
生物醫學工程
軟件工程
工商管理
公***管理